İki yıl önce dekanlığa atanan Eskimez, YÖK Disiplin Kurulu kararı ile görevden uzaklaştırıldı. Olayın, bazı basın kuruluşlarınca 'eski- yeni yönetim kavgası' şeklinde yansıtılması ise üniversite yönetiminin tepkisini çekti. Yazılı bir açıklama yapan rektörlük, herkesi kucaklayan bir yönetim anlayışı benimsediklerini vurguladı. Açıklamada, "Tüm bu samimi ve özverili çalışmalarımıza rağmen, çeşitli zamanlarda yanlış bilgilendirme ve yönlendirmelerin etkisi ile bazı gruplar tarafından kamuoyuna yapılan mesnetsiz ve taraflı açıklamalar üniversite camiamızı ve halkımızı derinden üzmektedir." denildi. Diş Hekimliği Fakültesi'nin makine ve cihaz alımları ihalesinde usulsüzlük yapıldığı ihbarı üzerine yapılan mali denetimlerde İhale Yasası'na aykırı işlem tespit edildiğini belirleyen üniversite yönetimi, konuyla ilgili olarak tanzim edilen raporun Rektörlük makamına sunulduğunu anlattı. Bu rapora istinaden Prof. Dr. Şebnem Eskimez hakkında soruşturma açıldığını, soruşturma dosyası ve alınan disiplin kurulu kararının da YÖK'e gönderildiğini belirten üniversite yönetimi, açıklamasını şöyle sürdürdü: "Yükseköğretim Kurulu'na gönderilen dosya, Yüksek Disiplin Kurulu sıfatıyla toplanan Yükseköğretim Genel Kurulu'nda görüşülmüş ve teklif edilen 'yönetim görevinden ayırma cezası' kabul edilmiştir. İdari bir boşluğun oluşmaması için DÜ Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Aytekin Sır, geçici olarak dekan vekili olarak atanmıştır. Şunu belirtmek isteriz ki, yetkisiz ve usulsüz bir şekilde üniversitemizin adını kullanarak, kendilerini 'izleme komisyonu' olarak adlandıran, kamuoyunu yanıltma ve üniversitemizi karalama misyonunu üstlenmiş bu grubun hiçbir meşruiyeti olmayıp, üniversitemizce de tanınmamaktadır. Öncelikle yasaların yanında yer alması ve kamu yararını gözetmesi gereken kişi ve kuruluşların, yasalara aykırı işlem ve usulsüzlük yapanlara destek vermeleri düşündürücü olup, bu durum kamu vicdanını yaralamaktadır." (CİHAN)