Üniversite öğrencilerini örgütleyerek kargaşa çıkarmaya çalışan örgüt, bunun için Doğu Perinçek liderliğindeki İşçi Partisi'nin gençlik kollarını kullanmak istemiş. Rektör seçimlerine müdahale etmek, YÖK üyelerinin seçimine katkı yapmak, rektörleri hükümete karşı örgütlemek gibi amaçlar da güden Ergenekon terör örgütü (ETÖ) üyeleri, bu planlar için uzun soluklu görüşmeler yapmış. ETÖ davasının ikinci iddianamesinin tape bölümlerinde üniversitelerde yapılacak eylem planları ayrıntılarıyla yer alıyor. Sanıklardan İP Gençlik Kolları yöneticisi Tunç Akkoç'un 19 Mart 2008'de Mehmet isimli bir şahısla yaptığı telefon konuşmasında eylem planı şöyle anlatılıyor: "Tunç Akkoç'un 'önümüzdeki dönemde acaba gelişmeler ne olacak? İşte Yusuf Ziya Özcan YÖK Başkanı, ne şey yapıyor... bi de işte istifa ettirmenin koşulları, yolları, yakın zamanda var mı, önümüzdeki dönemde eylemler falan gibi... O şeyi acaba söyleyim mi, militan eylem olayını, militan eylem olayını Yusuf Ziya'ya... Bize haber verseler yani ne zaman... Adam çünkü tamamen gizli saklı gidiyor okullara' diyerek YÖK Başkanı Yusuf Ziya Özcan'a karşı eylem yapmayı planladıkları anlaşılmıştır." Demirkol, Beykent için devrede ETÖ'nün bazı vakıf üniversitelerinin kontenjan ve uzaktan eğitim gibi sorunlarını çözmek için YÖK nezdinde girişimlerde bulunduğu da anlaşıldı. Sanıklardan emekli General Şener Eruygur ve emekli Tuğamiral İlker Güven, Beykent Üniversitesi'nin sorunları için YÖK Başkan Yardımcısı İsa Eşme ile temas kurmuş. İsa Eşme'nin görevden ayrılması üzerine de adı Azerbaycan'da darbe girişimi iddialarına karışan Ferman Demirkol devreye girmiş. Demirkol, YÖK'teki bir yakını vasıtasıyla üniversitenin işini halletmiş. İlker Güven'in emniyet beyanında bu konu şu şekilde ifade ediliyor: "Profesör İsa E. Beykent Üniversitesi'nin kontenjan artırımı ve bilgisayar ile uzaktan eğitim konusu için izin ile ilgili Şener Eruygur'un görüştüğü kişi. İsa E. Şener Paşa'ya işle ilgileneceğini, gerekli denetlemeleri yaparak bu konuda karar vereceklerini söylemesine rağmen herhangi bir işlem yapmadığı için şahıs hakkında böyle bir görüşme yaptık. İsa E. YÖK Başkan Yardımcılığı görevinden ayrıldıktan sonra YÖK'te görevli Ferman hocanın tanıdığı bir kişi üniversitenin taleplerini yerine getirdi." ETÖ yöneticileri üniversitenin kontenjan sorununu türbanın üniversiteye sokulmaması için de kullanmış. Beykent Üniversitesi sahibi Adem Çelik ve rektör Cuma Bayat ile sık sık toplantılar yapan Eruygur ile Güven arasında 12 Şubat 2008'de gerçekleşen telefon görüşmesinde Beykent Üniversitesi'nde yapacakları toplantı öncesinde fikir alışverişinde bulunuluyor: "M. Şener Eruygur'un '... Bunlar türbanı mürbanı serbest filan bırakmasınlar' dediği, şüphelinin 'kimler?' dediği, M. Şener Eruygur'un 'Cuma hocalar falan' dediği, İlker'in 'Yok karışacağız perşembe günü. Bırakmaz canım bırakır mı o yani artık şimdi bu saatten sonra yani o zaman giderlerdi bakandan işi çözerlerdi yani öyle bişeyleri olsa. Ben zannetmiyorum yani ordan bi yamuk çıkmaz Cuma'dan. Yani Cuma benim bildiğim Cuma orayı terk eder o işi yapmaz gibi geliyor bana konuşuruz perşembe günü.' dediği anlaşılmıştır." Bursa Uludağ Üniversitesi Rektörü Mustafa Yurtkuran'ın eşinin rektör olmasından sonra serbest kalıp İlker Güven ve Şener Eruygur paşaya teslim olacağına ilişkin görüşleri de iddianamede yer alıyor. İlker Güven ile rektör Yurtkuran arasında 25 Şubat 2008 tarihinde geçen telefon görüşmesi şöyle: "İlker Güven 'Hanfendi muhterem' diye sorduğunuz... Mustafa Yurtkuran 'O da aday biliyorsun. Benden sonraki rektörlük adayı. O rektör olursa serbest kalacam, himmetinize gelip teslim olacam' İlker Güven 'Burda beraber yürütürüz Şener Paşa, Sen, Ben' Mustafa Yurtkuran 'Paşam emirlerinizi bekliyorum' İlker Güven 'Ben de bekliyorum'." Türbanı serbest bırakan rektör seçilmeyince bayram etmişler İddianamede yer alan telefon görüşmeleri yakın tarihte yaşanan hadiselere de ışık tutuyor. İddianamede adı geçen isimler, Boğaziçi Üniversitesi'nde başörtüsü konusunda ılımlı tavırları ile bilinen Ayşe Soysal seçimi kaybedince bayram etmiş. Yıldız Teknik Üniversitesi Rektörü Durul Ören ile Erol Manisalı arasında 18 Haziran 2008'de yapılan telefon görüşmesinde diyaloglar şöyle: "Erol M.: 'Selam, sevgi, abi rektörlük belli olmuş, seçimler' X erkek şahıs: 'İki yüz on bir ben aldım, benden sonra yüz otuz yedi var.' Erol M.: 'Süper süper şimdi şeye umarım ki şeye ee Köşk'e gittiği zaman ikinci üçüncü tercihleri kullanmayacak bu adam umarız.' X erkek şahıs: 'Hı Boğaziçi'nde Ayşe Hanım kaybetti.' Erol M.: 'Ona nasıl mutluyum biliyor musun o kadının kaybetmesine?' X erkek şahıs: 'Evet yani bişey söyleyim mi içten içe ben de sevindim.' Erol M.: 'Hayır abi ben sana söyleyeyim şerefsiz o türbanlı kızları soktu ya ilk gün kaybetmesine inanılmaz mutluyum şerefsiz.' X erkek şahıs: 'Ve ee sana başka bişey söyliyim Boğaziçi'nde yapılan rezilliklerin haddi hesabı yok' '... Dokümanlarla götürüyor sekretere veriyor hepsi çöp şeye atıyorlar çöpe atıyorlar.' Erol M.: 'Allah kahretsin'."