Tedavi gördüğü İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde vefat eden Prof. Dr. Toktamış Ateş'in eşi ve yakınları, evlerinde taziyeye için gelenleri kabul etti. Ateş'in yeğeni Ahmet Emre Ateş, aile olarak büyük üzüntü yaşadıklarını belirterek, "Amcam Türkiye'de hoşgörünün timsaliydi." dedi.

Prof. Dr. Toktamış Ateş'in vefatının ardından aile üyeleri de büyük üzüntü yaşadı. Fatih'teki evinde başsağlığı için gelen ziyaretçilerini kabul eden Toktamış'ın eşi Nevin Ateş ve aile fertleri, üzüntülerini gelenlerle paylaştı. 

Ateş'in çalışma odası olarak kullandığı bölümde basın mensuplarının sorularını cevaplayan İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi Öğretim Üyesi Ahmet Emre Ateş, amcasının ayağındaki sorun nedeniyle hastaneye yatırıldığını ve sonrasında ise solunum yetersizliği nedeniyle yoğun bakıma alındığını anlattı. Yaklaşık 4 aydan bu yana yoğun bakımda amcasının tedavisinin sürdüğünü belirten Ateş, "Ailemizin acısı büyük. Benim hem amcam, hem de İstanbul Üniversitesi'nden hocamdı kendisi. Sayısız insan yetiştirdi. Arkasında sayısız hoşgörü timsali öğrenci bıraktı. Türkiye'de hoşgörünün timsaliydi. Hep' tatlı dil ve güler yüz' derdi" ifadesini kullandı. 

Gazeteciler, Ateş'in çalışma odası ve kitaplarını da görüntüledi. Çalışma odasının neredeyse tamamının duvarlarını kaplayan bir kütüphane bulunması, Ateş'in araştırma ve okumaya karşı ilgisini ortaya koydu. 

Ateş'in avukat ağabeyi Bahattin Ertunga Ateş'in de 2 Ocak 2013 tarihinde öldüğü öğrenildi. Büyük kardeş Ateş'in, küçük kardeşinin hastalığına çok üzüldüğü ve hastaneye yattığını öğrendikten sonra üzüntüden hayatını kaybettiği belirtildi.