Yıldırım, temmuz ayında Eskişehir 2. Sulh Ceza Mahkemesi'nde hâkim karşısına çıkacak. Hava Kuvvetleri Komutanlığı da Yıldırım hakkında soruşturma başlattı. Tepebaşı İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü, 2 Nisan 2009 tarihinde Cemal Mümtaz Anadolu Öğretmen Lisesi'nde görevli resim öğretmeni Gül Yıldırım hakkında 'görevini kötüye kullandığı, okuldaki öğretmenlerin konuşmalarını kaydettiği, öğrencilerini askerlikten soğuttuğu, halkı kin ve düşmanlığa sevk ettiği, PKK'yı övdüğü' iddiaları üzerine soruşturma başlattı. Eşi Gül Yıldırım hakkında soruşturma açıldığını öğrenen Eskişehir 1. Hava Kuvvet Komutanlığı'nda görevli Binbaşı Yusuf Yıldırım, Tepebaşı İlçe Milli Eğitim müdürünün odasını bastı. Soruşturmanın iptalini isteyen Yıldırım, Milli Eğitim Müdürü T.E. ile o esnada olayı ihbar eden öğretmen E.A.'ya tehditler savurdu. Milli Eğitim Müdürü T.E.'ye, "Eşim hakkında nasıl soruşturma açarsınız? Nasıl şikâyet dilekçesini kabul edip işleme koyarsınız? Olayı sen çözmezsen ben çözmesini bilirim." diyerek bir süre bağıran Binbaşı Yıldırım, öğretmen E.A.'yı da makam odasından dışarı çıkarmaya çalışarak, "Ben sana yapacağımı bilirim. Seni kaldırırım, kaldırmasını bilirim." şeklinde tehditler savurdu. Binbaşının hakaret ve tehditlerine maruz kalan öğretmen E.A., avukatı Turgay Balaban aracılığıyla cumhuriyet savcılığına suç duyurusunda bulundu. Olayla ilgili soruşturmayı yürüten Cumhuriyet Savcısı Cevdet Beşikçi, zanlı Binbaşı Yusuf Yıldırım hakkındaki iddianameyi tamamladı. Yıldırım hakkında, TCK'nın 106. maddesi gereğince tehdit suçunu işlediğinden 6 ay hapis cezası talebiyle Eskişehir 2. Sulh Ceza Mahkemesi'nde dava açıldı. Yıldırım, temmuz ayında tehdit suçundan dolayı Eskişehir 2. Sulh Ceza Mahkemesi'nde hâkim karşısına çıkacak. Olayla ilgili olarak Binbaşı Yusuf Yıldırım hakkında Hava Kuvvetleri Komutanlığı'nın da inceleme yaptığı öğrenildi. Hava Kuvvetleri Komutanlığı, dosyayı Binbaşı Yıldırım'ın görev yaptığı Eskişehir 1. Hava Taktik Kuvvet Komutanlığı'na göndererek gereğinin yapılmasını istedi.