Taraf Gazetesi, "Balyoz Dilekçelerini Genelkurmay Yazdı" başlıklı haberi, belgesiyle yayınladı. İddiaya göre, Balyoz sanıklarının avukatlarınca İstanbul Adliyesi'ne verilen itiraz ve redd-i hâkim dilekçesinin arkasından Genelkurmay çıktı. İddiaya göre, hakimlerin oy birliği ile yakalama kararı verdiği günün akşamında, Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğ'un emri ile Deniz, Hava, Kara ve Jandarma Adlî Müşavirleri Karargâh'a çağrıldı. Habere göre, toplantıda Başbuğ Genelkurmay Adlî Müşaviri Tuğgeneral Hıfzı Çubuklu'ya sanıkları kurtarmak için hukuki argümanlar geliştirmesini emretti. Çubuklu, hukuki metinleri tek tek inceledi. Ancak 102 sanığın tutuklanmasını önlemek için bir argüman geliştiremedi. Bunun üzerine toplantıya dışarıdan hukukçu çağrıldı. Ankara Barosu başkanlığına aday olan Prof. Dr. Metin Feyzioğlu'nun Genelkurmay'a geldiği ve sabaha kadar yol haritası çizildiği iddia edildi. İddiaya göre, toplantıda üç adet örnek dilekçe hazırlanmasına ve tutuklanmalara itiraz edilmesine karar verildi. Dilekçelerden biri yakalama kararına itiraz, diğeri redd-i hâkim talebi, sonuncusu ise bu dilekçelerden sonuç alınmaması ve subayların cezaevine girmesi durumunda tutuklamaya yapılacak itirazı içerdiği görülüyor. İtiraz dilekçesindeki boş bırakılan sanık ve müdafi bölümlerinin, avukatlar tarafından doldurulması istendi. İddiaya göre, Genelkurmay'ın emri aynen uygulandı. Dilekçeler, sanıkların avukatlarına ulaştırıldı. Sanık avukatları İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'ne itiraz ve redd-i hâkim taleplerini içeren dilekçelerini sundular. İddiaya göre Yaş toplantısı bitene kadar terfisi gündemde olan sanıkların cezaevine girmemeleri için birçok alternatif geliştirildi. Bu kapsamda tutuklamaları gerçekleştirecek Merkez Komutanlıkları'nın kararı geç tebliğ etmesi gibi formüller üzerinde de duruldu. Son olaraksa, gözaltı durumunda sanıkların "hastalanması'nın planlandı.