Millete Komplo Belgesi'nin ortaya çıkmasının ardından, Genelkurmay Bilgi Destek Şubesi'nde belge ve bilgisayar temizliği yapıldığı iddia edildi. Olayın tanıkları imha işlemini savcılara anlattı. İddianameye giren tanık ifadelerinde imha işlemi detayları ile anlatılıyor. İmha işlemine katıldıklarını anlatan subay ve erler, verilen emirleri uyguladıklarını söylediler. Tanık er, "gördüklerini unutacaksın" şeklinde tehdit edildiğini de anlatıyor.