Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan ve 8 Temmuz 2008 tarihinde Kocaeli 2 No'lu F Tipi Yüksek Güvenlikli Cezaevi'ne konulan Aygün'ün tahliyesi, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin tahliye kararının Cezaevi'ne ulaşması üzerine gerçekleşti. Aygün'ü, karşılamak için eşi Mine Aygün, kız kardeşi Sibel Aygün, avukatı İsmail Hakkı Tekay, İzmit Ticaret Odası Başkanı Hüseyin Zeytinci, ATO Meclis Üyesi Faik Öztürk Cezaevi'ne geldi. Aygün, işlemlerin tamamlanmasının ardından saat 21.32'de Cezaevi'nden çıktı. 14 GÜN MİSAFİR KALDIM Cezaevi çıkışında bekleyen gazetecilere açıklamalarda bulunan Aygün, şunları söyledi: ''Tutukluluk halimi, Türkiye Cumhuriyeti Devletine, 14 gün misafir olarak kaldığımı kabul ediyorum. Gördüğünüz gibi giydiğim gömlekle daha sağlam, daha sıhhatli çıkıyorum. Allah içeridekilere sabır versin. Müsaade ederseniz, bu kadar açıklama yapıyorum. Yarın ATO Meclis toplantısı sonrası açıklama yapacağım.'' Aygün, İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin'in ''Ergenekon'' soruşturması iddianamesiyle ilgili açıklamasını izleyip izlemediğinin sorulması üzerine, o sırada avukatlarıyla görüştüğünü, ancak serbest kaldığını televizyon haberlerinden öğrendiğini belirterek, ''Türkiye Cumhuriyeti Devleti'ne teşekkür ediyorum'' dedi. Aygün, daha sonra kendisini bekleyen arabaya binerek Ankara'ya hareket etti.