Bu iki ayrı yolla mümkün oldu: Beş yıllık tutuklu yargılama değişikliğinden ilk yargılananlar Zirve Yayınevi cinayetini gerçekleştiren beş katil zanlısı ve Hrant Dink cinayetinin azmettiricisi olduğu iddia edilen Erhan Tuncel oldu. Bu kararları KCK sanıkları izledi. İkinci tahliye yolu ise eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ’un Anayasa Mahkemesi’ne başvurmasıyla açıldı. Anayasa Mahkemesi, Ergenekon Davası’na bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi’nin gerekçeli kararını yedi aydır yazmayışını hak ihlali sayarak, tutuklulukla ilgili karar verilmesi için dosyayı mahkemeye yolladı. Fakat bu kararın alındığı saatlerde, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi dahil tüm ÖYM’ler kaldırıldığı için itirazlar normal ağır ceza mahkemelerin önüne geldi. Onlar da art arda tahliyelere imza attı.

Radikal Gazetesi'nin haberine göre, Ergenekon davasında geçen yıl 5 Ağustos’ta karara bağlandı. Ne var ki İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 15 günlük bir süre tanındığı halde gerekçeli kararını yazamadı. Dosyayı Yargıtay’a gönderemeyen mahkeme, tahliye taleplerini de geri çevirdi. Bunun üzerine eski Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğ, kararı bu yıl Anayasa Mahkemesi’ne taşıdı. Yüksek mahkeme, tahliye talebinin etkili şekilde incelenmediğini, gerekçeli karar açıklanmadığından Yargıtay önüne gidemediğini belirterek, Başbuğ’a olumlu ya da olumsuz bir yanıt verilmesi gerektiğinin altını çizdi ve dosyayı mahkemeye gönderdi. Fakat aynı saatlerde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, ‘Özel Yetkili Mahkemeleri’ yürürlükten kaldıran yasayı onadı ve karar Resmi Gazete’de yayımlandı. Başbuğ’un tutukluluğu ile ilgili itiraz, 20. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından görüşüldü. Mahkeme de Başbuğ’u tahliye etti. Bu karar üzerine, tüm Ergenekon sanıkları, tutukluluğun gözden geçirilmesi için başvurdu. Başvuruyu değerlendiren 21. Ağır Ceza Mahkemesi, ‘delillerin karartılma kuşkusunun olmaması, sanıkların sabit ikametgâh sahibi olmaları ve benzer konuda tahliye edilmiş sanıkların bulunması ve bunun adalet duygularını incitebileceği” gerekçesiyle tahliye kararları verdi. Ve mahkeme, beş yıllık süreyi değil, mağduruyeti esas aldı. 

Malatya Zirve Yayınevi’nde 18 Nisan 2007’de üç Hıristiyan’ı öldüren beş katil zanlısı TBMM’de kabul edilen, tutuklulu sürelerinin beş yıla indirilmesine ilişkin düzenlemeden yararlanarak, tahliye edildi. Beş katil zanlısı ancak Yargıtay’da kararın kesinleşmesinden sonra yeniden cezaevine konulabilecek.

İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen Hrant Dink Davası 2012 yılında sonuçlanmış, Tuncel’e 2004 yılındaki Trabzon Mc Donald’s Şubesi’ne yönelik bombalı eylemden ötürü “Patlayıcı madde imal etme” suçundan 10 yıl 6 ay hapis verilmiş ve yattığı süre nazara alınarak tahliye edilmişti. Yargıtay 9. Ceza Dairesi, 2013 yılında kararı bozarak, Tuncel ve diğer sanıklara ‘örgüt üyeliği’ suçlamasıyla ceza verilmesi yönünde hüküm bildirince Tuncel yeniden cezaevine konmuştu. Toplamda 6 yıl tutuklu kalan Tuncel, tahliye oldu. 

Beş yıllık tutukluluk uygulaması, Diyarbakır’da görülen KCK Davası’nda da işledi. Türkiye ’de KCK ile ilgili hakkında ilk dava açılan kişi olan ve hakkındaki iddianame diğer sanıklara örnek gösterilen Serkan Zırığ tahliye edildi. Aynı şekilde 5 yıl 20 gündür cezaevinde bulunan BDP ’li Necmettin Belier ve Bedirhan Osal da serbest bırakıldı. Diyarbakır KCK’da da 92 kişi mahkemeye başvurdu.

Vekiller için ‘temsil hakkı ihlali’ denildi.

Tutuklu milletvekillerinden yalnızca CHP ’li Mehmet Haberal mahkemece serbest bırakıldı. CHP’li Mustafa Balbay, Anayasa Mahkemesi’ne başvurarak, çıkan kararla içtihat oluşturdu. Balbay tahliye edildi. Balbay’ın tahliyesini, BDP’li tutuklu beş vekilin bırakılması izledi.