Baykal, "Efendim Anayasa'nın 15. maddesi var', değiştirme ihtiyacı varsa getirirsin, değiştirirsin." dedi. 23 Haziran: CHP lideri Deniz Baykal, hükümetin 12 Eylül 1980 darbesini yapanlara yönelik bir hesaplaşma içine girmesi durumunda buna engel olmayacaklarını açıkladı. Baykal, "Efendim Anayasa'nın 15. maddesi var', değiştirme ihtiyacı varsa getirirsin, değiştirirsin." dedi. 24 Haziran: CHP İzmir Milletvekili Ahmet Ersin, TBMM İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu'ndan, "12 Eylül darbecilerini" yargılama yolunun açılması için TBMM Başkanlığı'na çağrı yapmasını istedi. 25 Haziran: Başbakan Erdoğan, CHP lideri Deniz Baykal'ın '12 Eylül darbecilerini koruyan geçici 15. maddeyi kaldıralım' önerisini 'sulu şaka' olarak değerlendirdi. Bu cevap CHP'yi harekete geçirdi. Baykal'ın talimatıyla Grup Başkan Vekili Hakkı Suha Okay, AK Partili Bekir Bozdağ'la bir araya geldi. Meclis, Ceza Muhakemeleri Kanunu'nda (CMK) gerçekleştirdiği iki değişiklikle, AB'ye uyum kapsamında önemli bir reforma imza attı. 3,5 saatlik görüşmenin ardından 00.10'da Genel Kurul'a gelen düzenleme tüm partilerin mutabakatıyla kabul edildi. Değişikliklerle, savaş ve sıkıyönetim halleri dışında sivillerin askerî mahkemelerde yargılanmasının önü tamamen kapanırken, askerlerin işlediği darbe teşebbüsü, terör ve örgütlü suçların özel yetkili sivil savcılıklar tarafından yürütüleceği hükme bağlandı. 26 Haziran: Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ, Genelkurmay Başkanlığı Karargahı'nda basın toplantısı düzenledi. Askerî savcılığın eylem planıyla ilgili 'kovuşturmaya gerek yok' kararını savundu. Tartışılan belgeyi 'kâğıt parçası' olarak niteledi. Ancak bu kararın kesin olmadığının altını çizdi: "Hukuk devleti ilkelerine sadığız. Bu belgenin doğru olduğuna ilişkin yeni delil, bilgi, emare ortaya çıkarsa elbette bu soruşturma tekrar açılabilir." Başbuğ, konuyu Milli Güvenlik Kurulu toplantısına getireceğini de açıkladı. 29 Haziran: Başbakan Tayyip Erdoğan ile Orgeneral İlker Başbuğ, askerî savcılığın eylem planı konusunda verdiği "kovuşturmaya yer yok" kararının ardından ilk kez bir araya geldi. Bir buçuk saat süren kabulde iki maddelik yargı reformu da masaya yatırıldı. Başbakanlık kaynakları 'MGK'da konuşulacak konularla ilgili bir ön görüşme' bilgisini verdi. 30 Haziran: Milli Güvenlik Kurulu (MGK) haziran ayı olağan toplantısı, Cumhurbaşkanı Abdullah Gül başkanlığında Çankaya Köşkü'nde yapıldı. 7 saat 30 dakika süren toplantıda sivil ve askerî kanat düzenlemeye ilişkin görüşlerini açıkladı. Toplantıdan sonra yayımlanan bildiride, "Devletimizin kurumlarını yıpratmaya yönelik beyan ve yayınlara ilişkin tepki ve düşünceler dile getirilmiş, bu tür faaliyetlerin ülkemize bir fayda sağlamayacağı teyit edilmiştir." denildi. MGK'nın ardından Cumhurbaşkanı Gül, Başbakan Erdoğan, Org. Başbuğ, Başbakan Yardımcısı Cemil Çiçek ve Adalet Bakanı Sadullah Ergin, 1 saat 15 dakika süren ikinci bir toplantı daha yaptı. CHP Genel Başkanı Deniz Baykal, parti grubunda ilginç bir çıkışta bulundu. MGK'nın başladığı sırada CHP grubuna seslenen Baykal, "Önümüzdeki birkaç saat içinde Cumhurbaşkanı bu yasanın hiç uygun olmadığını anlama noktasına gelebilir. Cumhurbaşkanı da birdenbire 'bu olmaz' diye tespit yapma aşamasına gelebilir." dedi. Cumhurbaşkanı Gül'ün mayın yasası ile ilgili kullanmadığı takdirini bu düzenleme için kullanabileceğini savunan Baykal, ya Cumhurbaşkanı ya da Anayasa Mahkemesi'nin söz konusu düzenlemeyi engelleyeceğine inandığını söyledi. 1 Temmuz: CHP lideri Baykal, MGK toplantısı sonrasında yayımlanan bildiriyi 'tatmin edici' bulmadı. Partisinin MYK toplantısında konuşan Baykal'ın, "MGK, önemli bir platformdur, burada sadece tespit yapılmaz, çözüm önerileri de oluşturulur ve bunlar hükümete tavsiye edilir." dediği öğrenildi. 4 Temmuz: Başbakan Erdoğan, yargı reformunun gündeme geldiği MGK toplantısından tatmin olmayan Baykal'a sert çıktı: "Askerin üzerinden elini çek. Sivil siyaset yap, sivil davran." Erdoğan, Baykal'ı sorumsuz açıklamalar yapmakla suçlarken kurumlar arasında uyum olduğunu vurguladı. Çatışma ve gerilimden medet umanların hayal kırıklığına uğrayacağının altını çizdi. 5 Temmuz: Erdoğan, reform konusundaki kararlılığının altını çizdi: "Haysiyetsizce ölmektense haysiyetli ölmek daha evladır."