Ergenekon soruşturmasında tutuklanan emekli Albay Arif Doğan'ın Beykoz'daki evinde yapılan aramalarda ele geçirildiği belirtilen mühimmatın jandarma tarafından 7 yıl önce askerî araçla getirildiği iddia edildi. İkinci iddianamenin delil klasörlerinde yer alan ve Savcı Zekeriya Öz'e gönderilen bir ihbar mektubunda, sandıkların önce başka bir büroya, daha sonra da ele geçirildiği yere nakledildiği ileri sürüldü. Mektuptaki iddia şöyle: "Sandıklar buraya yaklaşık 7 yıl önce askerî bir araçla getirilerek jandarmalar tarafından sandıkların yakalandığı büronun yanındaki başka bir büroya istiflenmiş. Daha sonra buradan alınarak bir süre önce yine askerler tarafından bugünkü bulunduğu emlakçıya getirilmiş." Mektup'ta birlikte savcıya bir de fotoğraf albümü gönderildi. Albümün de JİTEM'ci Albay'a ait olduğu ancak arama yapan güvenlik görevlilerinin düşürdüğü kaydedildi: "Sayın Zekeriya Öz. Size gönderdiğim bu zarf içindeki foto albümü Arif Doğan'a yönelik operasyonda düşürülen ve Doğan'a ait bir foto albümüdür. Bunu bana teslim eden kişi, albümü jandarmaların düşürdüğünü, güvenlik görevlileri gittikten sonra olay yerinde kendisinin bulduğunu anlattı."