Balyoz soruşturması kapsamında 11 şubatta tutuklanan 102 muvazzaf subay arasında yer alan Harp Akademileri Komutanlığı Kurmay Başkanı Tümgeneral Ahmet Yavuz, tutuklanmadan 15 gün önce arşivlerdeki tüm “Harp oyunu ve plan seminerlerinin” imha edilmesi emrini vermiş. Yavuz'un, tutuklanmadan önce “Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı'nın emriyle” akademide görevli personele gönderdiği emirde, “gerçek duruma göre icra edilen plan seminerlerine ait gizli dosyaların bilgisayarlarda depolanmaması” emredilmiş. Arşivlerde bulunan belgelerin elektronik hallerinin de bilgisayardan silinmesini isteyen Yavuz, silinmiş dosyaların Ortak Paylaşım Alanı'nda bulunan kopyalarının da imha edilmesini, elektronik olarak silinmesini emretmiş. Silme Yöntemini de Anlatmış Tümgeneral Yavuz'un imzası bulunan emir, 27 Ocak 2011 tarihine ait. “Hizmete Özel” damgasıyla birliklere gönderilen emrin konusu ise “Arşiv faaliyetleri” başlığını taşıyor. İki sayfadan oluşan emir yazısında, “Arşiv işlemleri yapılırken, imha edilen arşivlik malzemenin ayrıca bilgisayarda bulunan elektronik halleri de silinecektir” deniyor. Silinme işlemi için yöntem de emir yazısında şu şekilde belirtilmiş: “Dosya veya klasörün üzerinde sağ tıklanarak, ESYA MGM/ Güvenli sil.” Arşivde silinen belgelerin “Ortak Paylaşım Alanı'nda” bir kopyasının olması durumunda bunun da silinmesi için emir verilmiş. Konuyla ilgili bölüm şu şekilde: “Bilgisayarlardan dosya silme işlemi yapılırken, ‘Ortak Paylaşım Alanı' olarak kullanan Komutanlık, Başkanlık ve Müdürlüklerce (Komutanlık Karargahı, Kurmay Başkanlığı, Öğretim Başkanlığı MAP Şube Müdürlüğü, Genel Sekreterlik, Güvenlik Eğitim Şube Müdürlüğü, Disiplin Subaylığı, Akademi Komutanlıkları ve MÜŞDOKGEDEM Komutanlığı) silinen dosyanın varsa ortak paylaşım alanındaki kopyası da silinecektir.” Belgeleri Depolamayın Tümgeneral Yavuz'un, Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı'nın emriyle gönderdiği yazıda en dikkat çeken bölüm ise seminerlere ait gizli dosyaların bilgisayarlarda depolanmamasının emredilmesi. Yazıda “Harp Oyunu ve Plan Semineri gibi bilgi ve dokümanlar hakkında ilgili yönerge ve talimat esaslarının uygulanması” isteniyor. Emrin devamında “Bu kapsamda dosyalar ve takdim yansılarının yedeklenmesi, ancak gerçek duruma göre icra edilen seminerlerine ait gizli dosyalar bilgisayarlarda depolanmayacaktır” deniyor. 7 Şubat 2011 tarihine kadar bu işlemlerin yapılarak, emrin tüm personele tebliğ edilmesi isteniyor. Balyoz Belgeleri de Var Tümgeneral Yavuz'un bu yazısı, Balyoz sanıklarının tutukluluğa itirazda öne sürdükleri “bütün deliller toplandı ve delil karatma olanağı yok” gerekçelerini de tartışmalı bir duruma getiriyor. Taraf'a belgeyi ulaştıran askeri yetkili, “harp oyunu ve plan semineri” adı altında imha edilen belgeler arasında, Balyoz darbe planıyla ilgili belgelerin de olduğunu iddia etti. Askeri yetkili ayrıca “Gölcük Donanma Komutanlığı'nda bulunan belgelerin ardından Harp Akademileri Komutanlığı'nda çalışma başlatıldı. 2003 yılında yapılan seminerde dönemin Harp Akademileri Komutanı olan İbrahim Fırtına hazırlıkları burada yaptı. Bu emirde ‘Seminer ve harp oyunu adı altında yapılan eylem planlarını, arşiv ve bilgisayarlardan imha edin' deniyor. Harp Akademileri Komutanlığı'nda yasadışı planların imha edilmesi için yoğun bir çalışma yapıldı ve bilgisayarlar, arşivler temizlendi” dedi.