1993 yılında Mehmet Ağar'ın emniyet genel müdürlüğü döneminde vekaleten Özel Harekât Daire Başkanlığı'na getirildi. Susurluk skandalının ardından firari hükümlü Abdullah Çatlı ile yakın arkadaş olduğu ortaya çıktı. Ömer Lütfi Topal'ın öldürülmesi olayına adı karıştı. Hakkındaki adli soruşturma nedeniyle açığa alındı. Kendisinin de dahil olduğu 14 sanık hakkında çıkan 27 Ocak 1997 tarihli tutuklama kararından sonra firar etti. 6 Mart 1997'de 'cürüm işlemek amacıyla silahlı teşekkül oluşturmak ile yakalama ve tevkif müzekkeresi bulunan kişiyi yetkili mercilere haber vermemek' suçundan haklarında dava açıldı. 11 Mart 1997'de teslim oldu ve altı ay sonra tahliye edildi. Mart 1999'da, Emniyet Genel Müdürlüğü'ne hibe edilen ve kaybolduğu öne sürülen silahlarla ilgili olarak 'görevi ihmal' iddiasıyla hakkında dava açıldı. 28 Mart 2000'de Bursa-Yalova yolunda trafik kazası geçirerek ağır yaralandı. Susurluk Davası'nda eski MİT görevlisi Korkut Eken'le birlikte 6 yıl ağır hapis cezasına mahkum oldu. Sağlık sorunları sebebiyle cezası ertelendi. Avukatlarının talebi üzerine dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, Şahin'in cezasını 2002 senesinde affetti. Şahin cezaevinden çıktığında kendisini karşılayanlardan biri de Danıştay saldırısını azmettirmekle suçlanan Muzaffer Tekin'di. ZAMAN