İddianamenin ek klasörleri arasında JİTEM'e ait olduğu iddia edilen 'GİZLİ' ibareli belgeler de bulunuyor. Jandarma İstihbarat Başkanlığı başlığı altında, 'Cumhuriyet Çalışma Grubu Devre Raporu-11- 16 Şubat 2004 tarihli rapor Prof. Dr. Erol Manisalı ile yapılan görüşme sonuçları' yazıyor. Raporu kaleme alan kişi veya kişiler, raporun giriş kısmına şunları yazmış: "12 Şubat 2004'te Harbiye Orduevi lobisinde buluşuldu. Restoranda öğle yemeği ikramının ardından 1.007 numaralı odada görüşmeye başlandı. Tüm görüşme, kendisinden habersiz olarak ses kaydına alındı." Raporda, Prof. Dr. Manisalı, ilginç tespitlerde bulunuyor. ÇYDD eski başkanı Türkan Saylan'ı 'gardırop Atatürkçüsü' olarak niteleyen Manisalı, "Türkan Saylan gibi gardırop Atatürkçüleri var. Avrupa Birliği'ne laf söyletmiyor, Gümrük Birliği'ni savunuyor, Atatürkçüyüm diyor. Olmaz böyle şey. TÜSİAD'dan farkı yoktur. Atatürkçülüğü istismar ediyor, kullanıyorlar." diyor. Klasördeki belgelere göre, Manisalı, kimliği belirsiz kişi veya kişilerle yaptığı toplantıda, hükümetin acil eylem planıyla ilgili görüşlerini de açıklıyor. Manisalı, bu sırada bazı kişilerin isimlerini vererek "kullanabilirsiniz" diyor. Manisalı'nın görüşmede kullandığı ifadeler şöyle: "Yol-İş'ten Fikret Bey'i, ATO Başkanı Sinan Aygün'ü, Aydınlık'tan Adnan Bey'i kullanabilirsiniz, Aydınlık bir defa yazınca birçok köşe yazarı oradan alıntı yapıyor. Doğan ve TÜSİAD medyası yüzde 70 düzeyinde. Anadolu medyası, birbirinden kopuk. Bunları birleştirip koordine edebilirseniz bir güç haline gelirler. Yerel televizyonlar birliğini bırakıp ayrı ayrı güvenilir televizyon ve gazetelerle temas etmek lazımdır."