Şahin, Adli Tıbbın 2003 yılında verdiği "bunama" raporu ile hapishaneden çıktı. Cezaevinden çıkarken koluna ilk giren kişi, yargılamalar sırasında da yanında olan ve şimdi Ergenekon'dan yargılanan Muzaffer Tekin'di. Adli Tıp,Korkunç suikast planı iddialarıyla gündeme gelen İbrahim Şahin'e ikinci defa rapor verdi. Aynen ilkinde olduğu gibi "suçuna karşı cezai sorumluluğu tam değildir'' dedi. Ancak hukukçular raporun sanığın cezai ehliyetini tamamen ortadan kaldırmadığını söylüyor. Emekli Cumhuriyet Başsavcı Reşat Petek Adli Tıp raporundaki bir ayrıntıya dikkat çekiyor. Petek, 4.İhtisas dairesinde alınan kararın, oy birliğiyle değil oy çokluğuyla verildiğine işaret ediyor. Ergenekon sanığı, "Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs etmek ve Silahlı terör örgütü kurmak" gibi ağır suçlardan yargılanıyor. Şahin'in, Ergenekon'un S-1 suikast timlerinin lideri olduğu ileri sürülmüştü.