Mühendislik Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Mustafa Sunu, yanlış uygulamalarından dolayı Oktik'e dava açmış, kazandığı parayla değiştirdiği arabasının üzerine 'Rektörüm sağ olsun' diye yazmıştı. Zaman, 19 Şubat 2008 tarihinde 5 yıl süreyle Muğla Üniversitesi'nin çeşitli bölümlerine gönderilen; ancak harcırah verilmediği için rektörü mahkemeye veren Prof. Dr. Mustafa Sunu'nun hikâyesini gündeme getirmişti. 'Tazminatla araba aldı: Rektörüm sağ olsun' başlıklı bir haberde Prof. Dr. Mustafa Sunu'nun Rektör Oktik aleyhine açtığı davayı kazandığını ve aldığı 7 bin 500 YTL'lik tazminatla arabasını değiştirerek arkasına 'Rektörüm sağ olsun' yazdırdığını duyurmuştu. Rektör Oktik, Sunu'ya bu haberden sonra 5 ayrı soruşturma açtı. Prof. Dr. Selmin Tufan'ı soruşturmacı olarak görevlendiren Oktik, haberde geçen ifadelerin Prof. Dr. Sunu'ya ait olup olmadığını ve konuyla ilgili savunma yapmasını istedi. Rektör Oktik ayrı ayrı açılan diğer soruşturmalarda ise Mustafa Sunu'dan 'İzinsiz Ankara'ya gidip gitmediğini, öğretim görevlisi Şakir Kıldereli'nin intihar etmesinden sonra gazetelere beyanat verip vermediğini, bir öğretim üyesini 'sen rektörün görevi bittikten sonra ne yapacaksın' diyerek tehdit edip etmediğini' sorarak savunma istedi. şaka yapıldığını zannettiğini ifade eden Mustafa Sunu savunmasında, "Önce bu yazının bir şaka olabileceğini düşündüm. Fakat Rektör Oktik'in yazdığı, şahsıma soruşturma açıldığını belirten ilgi yazıyı okuyunca şaşkınlığımı çabuk atlattım. Bu yazıyı okurken hep, "Benim değerli meslektaşlarım bunu nasıl yaparlar ve benim gibi iyi bir eğitim almış ve doğruları her platformda söylemekten sakınmayan bir insana ceza vermek için 'suç yaratmaya çalışıyorlar' diye düşündüm." dedi. Soruşturma emrinin disiplin soruşturmasını yapmaya yetkili olan amirler tarafından yapılması gerektiğini ve soruşturma emrinde, fiilin ne olduğu, sınırlarının açıkça belirtmesi gerektiğini anlatan Sunu, görevli soruşturmacıya şu cevabı verdi: "Yazıda soruşturma konusu açıkça belirtilmemiştir. Ayrıca sorularla adeta "benim suçluluğumu kanıtlamamı" istemektesiniz. Halbuki ben suçsuzluğumu kanıtlamak durumundayım." Prof. Dr. Sunu'ya açtığı soruşturmalarla öğretim üyelerine göz dağı veren Rektör Oktik daha önce de sol görüşleriyle tanınan Eğitim Sendikası'nın Muğla Üniversitesi temsilcisi Yard. Doç. Dr. Lütfiye Bozdağ Kalaycı'yı kendisini eleştirince üniversiteden atmıştı. Ayrıca Öğrenci Seçme Sınavı'nı (ÖSS) kazanamayan Rektör Prof. Dr. Şener Oktik'in oğlu Orhan Tan'ın, hülle yoluyla Yıldız Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi'ne kayıt yaptırdığı ortaya çıkmıştı. Geçtiğimiz yıl ÖSS'den 176 puan alabilen Orhan Tan, dört yıllık bir fakülteyi tercih edebilmek için gerekli olan 185 barajını bile geçemeyince mülakat yoluyla İngiltere'deki Northumbria Üniversitesi'ne yazıldı. Bu okulda 9 ay kalan Orhan Tan, taban puanı 343 olan Yıldız Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi'ne yatay geçiş yapmıştı.