Dokuz Eylül Üniversitesi Rektörlüğü’ne YÖK listesinde birinci sırada olan Prof. Dr. Sedef Gidener yerine, ikinci sırada yer alan Mehmet Füzün atanınca, tepki gösteren Emin Alıcı, devir teslim törenine katılmadı. Cumhurbaşkanı Gül’ün, atamasını protesto eden eski rektör Emin Alıcı devir-teslim törenine katılmayınca, tören de yapılamadı. Görevi törensiz devralan yeni rektör Prof. Dr. Mehmet Füzün,daha sonra basın mensuplarının karşına geçti. Füzün, yaptığı açıklamada;"Rektör yandaşları, rektörün taraftarları ve ötekiler gibi hiç istemediğimiz bir olgu yaşandı. Bu bizi hakikaten çok üzdü ve çalışmalarımızı aksattı. Benim temel hedefim, buna son vermek." dedi. Rektör Füzün, saat 09.00'da makamına giderek görevine başladı. Daha sonra gazetecileri kabul eden Füzün, eski rektör Emin Alıcı'nın tepki göstermek için mi devir teslim törenine gelmediğini sorması üzerine, "Üniversitemizde bu gelenekselleşmediği için önceki rektörümüzle böyle bir devir teslim olmadı. Bense bir sonraki rektöre, görevi törenle teslim etmek isterim." şeklinde konuştu. Televizyonda rektör olduğu duyurulduktan sonra telefonlarının kitlendiğini anlatan Rektör Füzün, "Rektörlük atamalarında kanuni süreç tamamlandı. Bunun üç aşaması vardır. Birincisi rektör adayı belirleme seçimidir ki kamuoyunda rektör seçimi olarak biliniyor. Aslında rektör adayı belirlenir. İlk altıya giren adayların ismi YÖK'e gider. YÖK de kendi kriterleri içinde sayıyı üçe indirir ve Cumhurbaşkanı'na sunar. Cumhurbaşkanı da üç adaydan birini seçer. 6 Ağustos 2008 itibariyle bu süreç tamamlandı, ben de rektör olarak atandım. Hem üniversiteme hem de ülkeme hayırlı olmasını diliyorum." dedi. Üniversitede yapmak istediği birçok şey olduğunu belirten Rektör Füzün, "Önce bir barış ortamı sağlamamız gerekiyor. Kavga istemiyorum; fakat geçen yıllardan bu yana yanlış giden bir şey vardı. Rektör yandaşları, rektörün taraftarları ve ötekiler gibi hiç istemediğimiz bir olgu yaşandı. Kimseyi suçlamıyorum fakat bu hakikaten bizi çok üzdü ve çalışmalarımızı aksattı. Buna nasıl son verilir? Çok basit; rektör, herkese çok yakın ve eşit mesafede olur." dedi. Bir gazetecinin, kuzeninin 2006 yılında AK Parti Akhisar İlçe Teşkilatı Yönetim Kurulu üyesi olduğunu hatırlatması ve bunun atanmasında etkisi olup olmadığını sorması üzerine ise Mehmet Füzün, şunları söyledi: "Yunus Emre Füzün, amcamın oğlu. Herhangi bir siyasi partiyle ilişkisi olup olmadığını gerçekten bilmiyorum. Bu zamana kadar hep şunu ifade ettim: Üniversitede siyaset yapılır. Üniversiteler, ülke meselelerine elbette duyarlıdır ancak siyasi parti referansı eşgüdümlü siyaset yapılmamalıdır. Buna inanmış bir insan olarak bugüne kadar hiçbir siyasi partinin içinde olmadım. Elbette Türkiye Cumhuriyeti'nin kanuni kişi ve kuruluşlarından destek istedim. Diğer adaylarımız da istedi, bunda hiçbir sakınca görmüyorum." Cumhurbaşkanı Gül'ün kendisini seçmesindeki en önemli etkenin, seçim sürecindeki "Birleşik Dokuz Eylül" sloganı olduğunu söyleyen Prof. Dr. Mehmet Füzün, "Rektör adayı belirleme seçimlerinden önce bir hareket oluşturduk, adına da 'Birleşik Dokuz Eylül' dedik. Siyasi görüşü ne olursa olsun, hangi rektör adayını seviyorsa sevsin, ideal Dokuz Eylül Üniversitesi üzerinde birleşme anlayışıyla yola çıktık. Birleştirici yapım olduğunu bütün arkadaşlar biliyor. Sanırım Ankara basamaklarında da takdir buldu ve bu göreve geldim." dedi. Göreve getirilmesiyle birlikte iki rektör yardımcısının istifasını sunduğunu ancak boşluk olmaması için şimdilik sadece birini kabul ettiğini, diğerinden bir süre daha görevde kalmasını rica ettiğini aktaran Füzün, rektör adaylarından, DEÜ Tıp Fakültesi Hastanesi Başhekimi Prof. Dr. Sedef Gidener'in de istifa ettiğini açıkladı. Rektör adayı belirleme seçimlerinde Prof. Dr. Gidener 564 oyla birinci, Prof. Dr. Füzün ise 181 oyla ikinci olmuştu.