Ergenekon İddianamesine göre, Perinçek, Eski Cumhurbaşkanı Sezer'in, Başbakan Erdoğan'ı Büyük Orta Doğu Projesi'nin eş başkanı olması nedeniyle istifaya devam etmesini bir mektup yazarak istemiş. İddianamede Perinçek'in "2007'de Cumhurbaşkanına bir mektupla başvurduğunu ve Başbakan koltuğunda oturan Recep Tayyip Erdoğan'ı Büyük Ortadoğu Projesi eşbaşkanı olduğu için istifaya davet etmesi gerektiğini, ilgili Anayasa maddelerini de göstererek arz ettiğini, gerekçe olarak Türkiye'nin başbakanının bir başka devletin proje görevlisi olamayacağını, bir başka devletin ast-üst ilişkileri içerisinde yer alamayacağını, başka bir devletten emir alır konumda bulunamayacağını belirttiğini, bu mektubu Milli Güvenlik Kurulunun bütün üyelerine, Bakanlara ve basına verdiğini, eğer Cumhurbaşkanı, Erdoğan'ı istifaya davet etse idi, Hükümet o günkü koşullarda orada oturamayacak olduğunu, çünkü bozgun halinde olduğunu, Cumhurbaşkanı'na istifa daveti yapması için kuvvet vermek gerekli olduğunu, bu konuda Sayın Deniz Baykal, Sayın Zeki Sezer ve E. Org. Şener Eruygur dahil birçok kitle örgütü yöneticisine de öneride bulunduğunu, sözünü ettiği konunun bu olduğunu, basında çıkmış olduğunu... Cumhurbaşkanlığı genel sekreterinin telefon edip, öneriyi aldığını, parti sekreterliğine bildirmiş olduğunu, AKP'li bakanlara da mektubun aynen gitmiş olduğunu, eğer o mektuptaki tutum uygulansa idi Türkiye bugün bu iç kargaşayı ve çatışma ortamına belki de sürüklenmeyecek olduğunu" dediği kaydedildi.