28 Şubat döneminin Başbakanı Mesut Yılmaz ile Genel Kurmay Başkanı İsmail Hakkı Karadayı arasındaki bilgi trafiğinde çarpıtma yaşandığı ortaya çıktı. Hürriyet Gazetesi'ne açıklamada Mesut Yılmaz'ın Genelkurmay 2. Başkanı Org. Çevik Bir'e "Sorumluluk bizim; elinizde ne bilgi, delil varsa aktarın, gereğini biz yapalım" teklifinde bulunuyor. Bu konuşma notları Genelkurmay Başkanı Org. İsmail Hakkı Karadayı'ya ulaştığında ise ''Bunları siz el altından yürütmeye devam edin; ama görüntüye dikkat edelim'' şekline dönüşüyor. İşte ilginç itirafı kamuoyuna taşıyan haber; ....MGK'nın 28 Şubat kararlarının önemli kısmını uygulamak Yılmaz hükümetine düştü. Ancak hem hükümetin yapısı, hem ANAP içindeki dengeler işleri zorlaştırıyordu. Yılmaz, askerlerle demokratikleşme, irtica ile mücadele konusunda da ciddi çelişkiler yaşıyordu. Buna rağmen 8 yıllık kesintisiz eğitimi en iyi şekilde geçirerek Türkiye için en önemli kararı aldıklarına inanıyor. Böylece imam hatiplerin ikinci eğitim kanalı yapılmasının yolu kesilmişti. Ancak, bunun, çocuklar din eğitimi talebini karşılayacak sistemle desteklenmemesini eksiklik görüyordu. Yılmaz, yeni dönemde askerle ilk çatışmasını Batı Çalışma Grubu (BÇG) konusunda yaşadı. Genelkurmay Başkanı Org. İsmail Hakkı Karadayı'ya bunu, "Hükümet, laiklik konusunda TSK'dan daha az hassas değil. Geçen hükümet döneminde yapılan bazı olağanüstü uygulamalara artık son verilmeli" sözleriyle anlattı. Karadayı, "Konuya 2. Başkan Org. Çevik Bir bakıyor. Size göndereyim" yanıtını verdi. Yılmaz, Bir'e de, "Sorumluluk bizim; elinizde ne bilgi, delil varsa aktarın, gereğini biz yapalım. Çünkü demokratik bir ülkede bunu savunmak mümkün değil. Siz hassasiyetinizi sürdürmeye devam edin" dedi. Bir, her sözü not aldı. İlerleyen günlerde Karadayı ile bu konuyu bir kez daha konuştu. Karadayı, "Çevik Bir'e, 'Bunları siz el altından yürütmeye devam edin; ama görüntüye dikkat edelim' demişsiniz" dediğinde Yılmaz şaşırdı. "Çevik Bir sözlerimi yanlış tercüme etmiş veya yanlış anlamış" karşılığını verdi. BÇG yanlış işler yapıyordu. En açık iki örneği de andıç ve yeşil sermaye konularıydı. Demokratik tutum ve hukuk devleti ilkeleriyle ters, yasal dayanağı olmayan bu örneklerle durumu Karadayı'ya anlattı. Böylece BÇG kaldırılıp Başbakanlık Takip Kurulu (BTK) kuruldu. Bu süreçle ilgili Yılmaz'ın özgün sözleri şöyle: "BÇG lağvedilmiş; ama hálá Genelkurmay'da açıklamalar yapılıyordu. Eğer ülkede bu konularda güven vermeyen bir hükümet varsa, açıklama yapılması belki savunulabilirdi. Ama hükümet duyarlı ise bunun altında başka bir şey olması lazımdı. Belki de bazı kişiler işlerin demokratik mecraya girmesinden memnun olmamışlardı."