Balyoz darbe planı soruşturması kapsamında kabul edilen üçüncü iddianamede, PKK ve Balyoz sanıkları arasındaki ilişki de deşifre ediliyor. Buna göre Balyozcular, PKK sempatizanları arasından seçtikleri bazı kişilere 'özel misyon' veriyor. İddianamede, sokak eylemlerinde halkı tahrik edip yönlendirmek için seçilenlerin yer aldığı listedekilerin önemli bölümünün terör örgütü mensubu ya da sempatizanı olduğu belirtiliyor. Balyoz darbe planı davasına ilişkin açıklanan 3. iddianamede Doğu-Güneydoğu faaliyetleri kapsamında erlerin askerlik sonrasında sansasyonel eylemlerde kullanılmasının planlandığı ortaya çıkmıştı. Balyoz soruşturması kapsamında yapılan aramalarda bulunan 'kullanılacaklar' listesindeki erlerin büyük bir bölümünün PKK üyesi olduğu ortaya çıktı. 'GüneyDogu.Doc' isimli belgede iltisaklı (askere bağlı) erlerin faaliyetlerinin yakından izlenerek aileleriyle temas kurulabileceği ve daha sonrasında eylem için kullanılabileceği anlatılıyordu. Belgelerde PKK üyesi ve sempatizanı erlerin terhisleri sonrasında irtibatların artırılarak sansasyonel eylemlerde kullanılması planlanıyor. Bölgedeki irtibatlar aracılığıyla 1 Mayıs ve terör örgütü elebaşısı Öcalan'ın doğum günü gibi günlerde esnafa ait işyerlerine yönelik eylemlerin yaptırılabileceği belirtiliyor. SOKAK EYLEMLERİNDE HALK TAHRİK EDİLECEK 2004 tarihli belgede yer alan çizelgede şüpheli Murat Ünlü'nün ismi yer alıyor. Ayrıca soruşturma dosyasındaki 'Görevlendirme' isimli belgede yer alan gruplardan şüpheli Murat Ünlü'nün Doğu-Güneydoğu faaliyetleri kapsamında görevlendirildiği ifade ediliyor. Balyoz Güvenlik Harekat Planı'nda, 'Harekat Ortamının Şekillendirilmesi' başlığı altında, "İstanbul ve civarı başta olmak üzere hassasiyet arz eden şehirlerde iltisaklı erlerin sevk ve idare ettiği halka yönelik eylemler yapılacak." deniliyor. Yine aynı klasörde, sokak eylemlerinde halkı tahrik edip yönlendirmek üzere belirlendikleri değerlendirilen birçoğu terör örgütü mensubu-sempatizanı olan iltisaklı şahıslara ait isim listesi de yer alıyor. Ergenekon soruşturmaları kapsamında 29 Haziran 2009 tarihinde İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne gönderilen 'Dursun Çiçek' konulu bir ihbar e-postasında da Ergenekon'un PKK'yı nasıl yönlendirdiği tek tek anlatılıyordu. İhbarda Balyoz şüphelisi Fahri Can Yıldırım ile ilgili olarak, "...Ayrıca bir de PKK-ÇYDD-Aleviler etrafında örgütlenen yapılanma var. Çark şöyle işliyor. PKK mensubu olan ve PKK'ya para aktaran Bz-Kur.Kd.Alb. Fahri Can Yıldırım ve Dursun Çiçek, Ergenekon'un PKK üzerinden yürüttüğü faaliyetleri koordine ediyorlar. Alevi örgütçü yapılanmanın sorumlusu olan Dz. Yb. Mustafa Civelek, Levent Bektaş ile bağlantılı çalışıyor. Bu ekip sayesinde Dz.KK'ya PKK ile irtibatlı kişilerin sızmaları sağlanıyor..." deniliyor. İddianamede ayrıca halkı kin ve nefrete teşvik etmek için PKK'ya operasyon yaptırıldığı şüphesi üzerinde duruluyor.