Ergenekon soruşturmasının ikinci iddianamesine ait ek klasörler içindeki bir metin, Tuncay Özkan'ın Çukurova Medya Grup Başkanı olduğu dönemde, Akşam Gazetesi'nin manşetini Mesut Yılmaz'a göre yönlendirdiğini ortaya koyuyor. Atatürkçü Düşünce Derneği'nde ele geçirilen ve Şener Ereygur'a ait belge, 26 Aralık 2003 tarihinde Akşam Gazetesi Ankara Temsilcisi Nuray Başaran'la yaptığı görüşmenin çözümünü içeriyor. Bu görüşmede Nuray Başaran, Tuncay Özkan'ın göreve geldiği hafta attığı bir manşette tamamen Mesut Yılmaz'ın yönlendirmesi altına girdiğini söylüyor: "Bir baktım ki Mesut Bey inanılmaz şekilde Tuncay'ı yönlendirmiş, o kadar enteresan manşet ki, bizi baştan başa mahvedecek." Haberin yüzde 80'inin yalan olduğunu söyleyen Başaran, Mehmet Emin Karamehmet'i arayarak manşeti düşürüyor. Bu olayın ardından Tuncay Özkan'la küfürlü diyaloglar yaşadıklarını anlatan Başaran, Özkan'ın Ankara'ya gelerek kendisine hesap sormaya çalıştığını ifade ediyor. Ergenekon sanığı Tuncay Özkan'ın 'Beni Çukurova Medya Grubu'ndan hükümet attırdı' iddiasının doğru olmadığı ortaya çıktı. Nuray Başaran'ın 26 Aralık 2003 tarihinde dönemin Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur'la yaptığı görüşme ayrıntılarıyla ek klasörlerde yer aldı. Görüşmede Nuray Başaran, "Bir kere hükümet Mehmet beye, hiçbir eleman attıramaz. Onu ben özellikle vurgulamak istiyorum. Bizim duruşumuz, hiçbir dönemde değişmedi." diyor. Tuncay Özkan'ın işten ayrılma gerekçesinin maaşından istenen indirime rest çekmesi olduğunu aktarıyor. Görüşmede Tuncay Özkan'ın Çukurova Medya Grubu'na 5 milyon dolar karşılığında geçtiği, yıllık personel ve ihtiyaç giderleriyle birlikte yalnızca Show TV'ye maliyetinin 9 milyon dolara ulaştığı belirtiliyor. Özkan'ın Kanal D'nin arşivini çaldığı ve Show TV'ye bu arşivi 500 bin dolara sattığı da iddia ediliyor. Tuncay Özkan'ın sadece kendisi için 2 buçuk milyon dolar aldığı da, Nuray Başaran'ın verdiği bilgilerden.