TÜBİTAK’ın ilk kez 2012’de hazırladığı ’Girişimci ve Yenilikçi Üniversite Endeksi’ ile her yıl Türkiye ’nin en girişimci ve yenilikçi 50 üniversitesi belirleniyor. TÜBİTAK’ın 2014 Girişimci ve Yenilikçi Üniversite Endeksi’nin ilk üç sırasında Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Sabancı Üniversitesi ve Boğaziçi Üniversitesi yer aldı. 

Endeks kapsamında 50 ve üzeri öğretim üyesi olan 144 üniversite mercek altına alındı. Araştırma kapsamında incelemeye alınan üniversiteler, bilimsel ve teknolojik araştırma yetkinliği, fikri mülkiyet havuzu, işbirliği ve etkileşim, girişimcilik ve yenilikçilik kültürü ile ekonomik katkı ve ticarileşme boyutları altında 23 göstergeye göre sıralandı. Ortaya çıkan 900 bin hücrelik veri seti çeşitli kontrollere tabi tutularak değerlendirmeye alındı. Yapılan değerlendirme sonucunda Türkiye’nin en girişimci ve yenilikçi 50 üniversitesi sıralandı. Değerlendirmeye göre listenin birinci sırasında Ortadoğu üniversitesi, ikinci sırasında Sabancı Üniversitesi, üçüncü sırasında ise Boğaziçi Üniversitesi yer aldı. Listenin son üç sırasında ise sırasıyla Pamukkale Üniversitesi, Niğde Üniversitesi ve Ondokuz Mayıs Üniversitesi yer aldı. 

TÜBİTAK’ın 2012 yılında yayınladığı Girişimci ve Yenilikçi Üniversite Endeksi sıralamasında 47. Sırada yer alan Marmara Üniversitesi son iki yıldır listede yer alamıyor. Marmara Üniversitesi’nin son iki yıldır listede yer almamasını değerlendiren üniversite yönetimi ise konuyla ilgili şu açıklamada bulundu: ‘’TÜBİTAK 'ın ‘Girişimci ve Yenilikçi’ Üniversiteler sıralaması oluşturması gibi birçok kurum ve kuruluş farklı kriterleri esas alarak dünya ve Türkiye genelinde Üniversitelerle ilgili sıralamalar oluşturabilmektedir. Benzer araştırmalarda bir üniversitenin çok farklı sıralarda olabildiği de görülebilmektedir. Bu alanda yapılmış yeni araştırmalardan biri de 6 Temmuz’da Bloomberg Businessweek dergisinde yayınlanan ‘En Gözde Üniversiteler’ araştırmasıdır. Bu araştırmanın sonucuna göre Marmara Üniversitesi Türkiye genelinde 15. , Devlet Üniversiteleri arasında ise altıncı sırada yer almaktadır.’’ 

Radikal'in haberine göre; ‘Araştırma temelli girişimcilik üniversitesi’ modeli doğrultusunda çalışarak listede altıncı sırada yer aldıklarını söyleyen Özyeğin Üniversitesi ise konuyla ilgili şu açıklamada bulundu: ‘’ Özyeğin Üniversitesi’nde Öğretim üyeleri uluslararası hakemli dergilerde ödül alan makaleleriyle dünya sıralamasına giriyor. Üniversitemiz ticarileşme potansiyeli olan projeler üzerine de çalışmaktadırlar. Özyeğin Üniversitesinde öğretim üyelerine ait toplam patent sayısı 133’e ulaşmıştır. Özyeğin Üniversitesi’nde araştırma projeleri hacmi 20.9 Milyon TL’dir. 2013 Aralık sonu itibariyle Özyeğin Üniversitesi proje hacminde; 23 Avrupa Birliği, 39 TÜBİTAK, 8 San-Tez, 44 Endüstri, 2 Kalkınma Ajansı ve 6 diğer olmak üzere uluslararası üniversiteler tarafından finansal olarak desteklenen 122 adet proje bulunmaktadır.’’