Milli Güvenlik Kurulu (MGK) toplantısında, Türkiye ile Ermenistan arasında imzalanan protokoller ışığında başta Yukarı Karabağ olmak üzere Güney Kafkasya'daki ihtilafların çözümüne yönelik çabalar ve süreç ele alındı. Bu sürecin Azerbaycan ile Ermenistan arasındaki sorunların çözümüne de yardımcı olacağının bir daha teyit edildiği toplantıda, Türkiye'nin bölgesel barış, istikrar, işbirliği ve güvenin tesisi konularındaki çalışmalarını bundan böyle de aktif bir şekilde devam ettireceği dile getirildi. Toplantıda ayrıca Irak'ın kuzeyinden Türkiye'ye yönelik terör tehdidinin ve saldırıların bertaraf edilmesini amaçlayan 6 Ekim 2009 tarihli TBMM kararının terörizmle mücadelenin önemli bir unsurunu teşkil ettiği belirtilerek, mücadelenin kararlılıkla sürdürüleceği de vurgulandı. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün başkanlığında Çankaya Köşkü'nde yapılan ve 7 saat 40 dakika süren MGK Toplantısı sonrasında MGK Genel Sekreterliğince yayımlanan bildiride, toplantıda ülke güvenliğini etkileyen iç ve dış gelişmelerin çok yönlü olarak değerlendirildiği ifade edildi. Bildiride şöyle denildi: ''Ayrıca Irak'ın kuzeyinden ülkemize yönelik terör tehdidinin ve saldırıların bertaraf edilmesini amaçlayan 6 Ekim 2009 tarihli TBMM kararının terörizmle mücadelenin önemli bir unsurunu teşkil ettiği belirtilerek, mücadelenin kararlılıkla sürdürüleceği vurgulanmıştır. Irak'taki gelişmeler ile 15 Ekim 2009 tarihinde Bağdat'ta gerçekleştirilen Türkiye-Irak Yüksek Düzeyli Stratejik İşbirliği Konseyi Toplantısı'nın sonuçları ve Irak bağlamındaki bölgesel gelişmeler ele alınmıştır. Güney Kafkasya'daki gelişmeler ve bu gelişmelerin bölgesel ve küresel ölçekte yaratabileceği sonuçlar değerlendirilmiştir. Bu çerçevede 10 Ekim 2009 tarihinde ülkemiz ile Ermenistan arasında imzalanan protokoller ışığında geleceğe yönelik perspektifler ile başta Yukarı Karabağ olmak üzere Güney Kafkasya'daki ihtilafların çözümüne yönelik çabalar ve süreç ele alınmıştır. Bu sürecin Azerbaycan ile Ermenistan arasındaki sorunların çözümüne de yardımcı olacağı bir daha teyit edilmiştir. Ülkemizin bölgesel barış, istikrar, işbirliği ve güvenin tesisi konularındaki çalışmaları bundan böyle de aktif bir şekilde devam ettireceği dile getirilmiştir. Afganistan'da son dönemde meydana gelen gelişmeler, Cumhurbaşkanlığı seçimleri dahil, değerlendirilmiş, ülkemizin Afganistan'ın istikrarına yönelik katkı ve girişimlerinin sürdürüleceği belirtilmiştir. Bu kapsamda; Türk Silahlı Kuvvetlerinin Kabil Bölge Komutanlığı görevini Kasım 2009 başında ikinci defa alacağı, yine önceki görevlerde olduğu gibi, Türk Silahlı Kuvvetlerinin terörle mücadele, uyuşturucu ile mücadele, mayın temizleme görevlerinde kullanılmayacağı teyit edilmiştir. Ülkemizin Ege ve Doğu Akdeniz'deki hak ve menfaatlerine ilişkin hususlar gözden geçirilmiştir.''