İskeçe'deki evinde vefat eden Aga, yarın öğle namazının ardından İskeçe'deki Aşağımahalle mezarlığına defnedilecek. Aga, yaklaşık bir yıldan beri karaciğer rahatsızlığından tedavi görüyordu. Eski İskeçe Müftüsü Mustafa Hilmi'nin oğlu olan Mehmet Emin Aga, 3 Eylül 1931'de İskeçe'ye bağlı Şahin köyünde doğdu. Aga, 1945 yılında tamamladığı ilköğreniminin ardından din eğitimi gördüğü Gümülcine Medresesi'nden 1954 yılında mezun oldu ve bir süre İskeçe Medresesi'nde eğitim görevlisi olarak bulundu. 1968 yılında medrese öğrencilerine ''Türklük bilinci aşıladığı'' suçlamasıyla askeri mahkemede yargılanan Aga, 1968-1990 yılları arasında İskeçe Müftülüğünde katiplik görevi yaptı. Babası Mustafa Hilmi'nin 1990 yılında vefatından sonra İskeçe Müftülüğü'nde naiplik görevi yapan Aga, aynı yıl Atina'nın İskeçe Müftülüğü'ne Mehmet Şinikoğlu'nu atamasının ardından, 18 Ağustos 1990 tarihinde İskeçe Türk halkı tarafından camilerde yapılan oylamayla müftü seçildi. Bunun üzerine ''resmi makamı gasp etme'' suçlamasıyla aleyhinde açılan çok sayıda davadan yargılanan ve defalarca fanatik grupların saldırısına uğrayan Aga, yüzlerce ay hapis cezasına mahkum edildi. Larisa cezaevinde 6 ay kaldıktan sonra, sağlık nedenleriyle salıverilen Aga, ömrünün sonuna kadar müftülük konusunda mücadele verdi. Müftü Aga, ayrıca Batı Trakya Türk Azınlığı'nın 29 Ocak eylemi gibi, önemli hak arama mücadelelerinde etkin rol oynadı. Aga'nın, Mustafa ve İrfan adında iki oğlu ile Vildan ve Emine adında iki kızı var.