Anayasa Mahkemesi başkanı iken cumhurbaşkanı adayı gösterilen Sezer, 5 Mayıs 2000'de TBMM'deki 3. tur oylamada 330 oyla cumhurbaşkanı seçildi. Sezer'in aday gösterilmesinde Anayasa Mahkemesi başkanı iken yaptığı demokrasi, insan hakları ve özgürlükleri öne çıkaran konuşmaları etkili olmuştu. Fakat, dönemin Başbakanı Bülent Ecevit başta olmak üzere Sezer'in Köşk'e çıkmasını sağlayanlar daha sonra pişman olduğunu açıkladı. 19 Şubat 2001'de yapılan Milli Güvenlik Kurulu toplantısında yaşanan 'Anayasa kitapçığı fırlatma' olayının ardından ülke krize sürüklenirken Ecevit, "Sezer'i cumhurbaşkanı seçtirmekle hayatımın en büyük yanlışını yaptım." dedi. Sezer, görev süresi boyunca yasa ve atamalarda 'iade rekoru' kırdı. Cezaevinde bulunan terör örgütü mensuplarının 'hastalığı gerekçesiyle' affedilmelerinde de cömert davrandı. Sezer'in süresinin uzamasında '367 tartışması' etkili oldu. CHP, 'Meclis'in 367 vekille toplanmadığı' gerekçesiyle Anayasa Mahkemesi'ne başvurdu. Mahkeme, CHP'nin talebi doğrultusunda karar verdi ve ilk turu iptal etti. TBMM 11. cumhurbaşkanını seçemediği için yenisi seçilinceye kadar Sezer görevini sürdürecek. Başta Meclis Başkanı Bülent Arınç olmak üzere birçok hukukçu, Sezer'in görevi bırakması gerektiğini savundu. Ancak Sezer, Anayasa'nın 102. maddesine dayanarak Köşk'te oturmaya devam edeceğini açıkladı.