Çakır, son kitabı 'Kod Adı Darbe' ile soruşturmanın gizliliğini ihlal ettiği gerekçesiyle 1 yıl 6 aya mahkûm oldu. Ancak yazarı mahkûm eden kararın gerekçesinde öyle ifadelere yer verildi ki hem Silivri Cezaevi'nde yargılanmakta olan sanıklar aklandı, hem de Ergenekon manifestosuna imza atıldı: "Ergenekon büyük Türk milletinin bilincinde yer alan destandır. Terörle mücadele eden üst düzey görevliler pasifize edilmeye çalışılıyor." Mahkeme, 12 Eylül 2008 tarihli gerekçeli kararında, terörle mücadele eden üst düzey görevlilerin benzer ithamlarla pek çok kez pasifize edilmeye çalışıldığını vurgulayarak, Çakır'ın kitaplarını da bu çerçevede değerlendirdi. Ergenekon'un yargıya intikal ettiği hatırlatılarak, Çakır'ın insanların TSK'ya olan güven ve inancını zaafa uğratmaya çabaladığı ileri sürüldü. En çok dikkat çeken hususlardan biri, Ergenekon iddianamesinde de yer alan birçok suçlamanın hayal mahsulü olarak değerlendirilmesiydi. Bunlar arasında PKK ve Hizbullah gibi terör örgütlerinin Ergenekon'la bağlantısı olduğu yönündeki iddialar da var. Gerekçeli kararda Ergenekon'un bir terör örgütü olduğu iddiasından çok 'milli bir destan' olmasına vurgu yapıldı. "Zihni Çakır, sanki her iki kitabında zaman ve mekan belirtmeksizin sadece gazete haberlerine istinaden terörle mücadele edip terör saldırısıyla şehit edilen kişilere örgütsel konumlar içerisine çekme çabasına girmiştir." denilen kararda, Arap ülkelerinin Mustafa Kemal Atatürk gibi bir lideri ve Ergenekon gibi eski bir destanı olmadığı için birçok ufak devletler halinde kaldıkları belirtildi. Çakır'ın aynı iddiaları tekrarlamayacağı yönünde mahkemede vicdani kanaat oluşmadığı için mahkûmiyet kararının ertelenmediği de kaydedildi. Başka yazarların da soruşturmanın içeriğine dair yayınlar yaptığını savunmasına karşılık, bunun sanığa aynı hakkı tanımayacağı vurgulandı. Zihni Çakır ise gerekçeli kararın, şu an Silivri'de görülmekte olan Ergenekon davasına da dolaylı müdahale anlamı taşıdığını savundu. Ergenekon sanıklarının kahraman ilan edildiğini söyleyen Çakır, Yargıtay'a temyiz müracaatında bulunacağını aktardı. Çakır, kitabının bilirkişi tarafından incelenmesine gerek görülmeden ve kendisine doğru dürüst savunma hakkı verilmeden karar verildiğini anlattı.