Güneydoğu ve Doğu Anadolu'da faili meçhullerin yoğunlukla yaşandığı 1993-1995 yılları arasında, hükümetin iki numaralı ismi olan Murat Karayalçın, tarihî itiraflarda bulundu. O dönemde başbakan yardımcısı olmasına rağmen yaşadığı acziyeti gözler önüne seren Karayalçın, "Size emanet edilmiş bu ülkenin yurttaşları öldürülüyor. Hukuka karşı, aileye karşı, topluma karşı, en önemlisi kendi vicdanınıza karşı ciddi bir rahatsızlık yaşıyorsunuz." diye konuşuyor. Doğu bölgelerinde faili meçhullerin yoğunlukla yaşandığı 1993-1995 yılları arasında, DYP-SHP koalisyon hükümetinin iki numaralı ismi olan Murat Karayalçın, tarihî özeleştirilerde bulundu. İktidar ortağı oldukları süreci, iktisadî, siyasî ve terör sorunu açısından 'akıl almaz bir dönem' olarak tanımlayan Karayalçın, "Faili meçhullerin olması, o ülkede hükümetin olmaması demektir. Size emanet edilmiş bu ülkenin yurttaşları öldürülüyor. Hukuka, topluma ve kendi vicdanınıza karşı ciddi bir rahatsızlık yaşıyorsunuz." diyor. Bu duyguyu, başbakan yardımcısı olduğu dönemde; basından okuduğu her faili meçhul için hissettiğini vurgulayan Karayalçın, sorumluların bulunmasını istiyor. Murat Karayalçın, başbakan yardımcısı olduğu dönemde, JİTEM ismini özellikle basından duyduğunu ve bu yapıyı, dönemin Genelkurmay Başkanı Doğan Güreş'in bulunduğu ortamlarda da gündeme getirdiğini söylüyor. Ancak bunun sonucunda yaşadığı hayal kırıklığını şöyle anlatıyor: "JİTEM'in peşinde oldum. Bu yapının ne olduğunun ortaya çıkarılması için, hükümette kendi olanaklarım çerçevesinde çaba harcadım. Ben bu devletin başbakan yardımcısıyım. Sayın cumhurbaşkanıyla, başbakanla ve komutanlarla bunun ne olduğu konusunda görüşmelerim ve sorularım oluyordu. Bana hep JİTEM'in olmadığı söylendi. İsim isim hatırlamıyorum ama dönemin Genelkurmay Başkanı Doğan Güreş de bunu söyleyenlerden bir tanesiydi. Kendisi doğrudan ifade etmemiş olsa bile, bu bana söylendiğinde o da oradaydı." Güneydoğu ve Doğu Anadolu'da faili meçhullerin yoğunlukla yaşandığı 1993-1995 yılları arasında, hükümetin iki numaralı ismi olan Murat Karayalçın; bölgede yaşanan faili meçhul saldırıların ardından sıklıkla bölgeye gitmiş. Bu ziyaretlerde gözünden kaçmayan bir gerçeği itiraf eden Karayalçın, devlet görevlilerinin verdiği bilgilerle bölge halkının verdiklerinin birbirini tutmadığının altını çiziyor. 1994 yazında Tunceli Ovacık'ta çıkan çatışmalarda 11 köyün boşaltıldığı olaylarda ve Diyarbakır'ın bir köyünde yaşanan çatışmanın ardından bizzat bölgeye gittiğinde de bunu yaşamış: "Köy boşaltma olayında Tunceli'ye gittim. Tunceli valisi, Tunceli garnizon komutanı, emniyet müdürü oradaydı. Bana; bir çatışmanın olduğunu, o alanda yaşayan yurttaşlarımızın da bölgelerini terk etmek istediklerini, orada yaşamak istemediklerini, bununla ilgili dilekçe verdiklerini söylemişlerdi. 'Gitmeyin, size tepki gösterirler' demelerine rağmen Ovacık'a gittim. Çok büyük bir kalabalık vardı ve tepki de gösterdiler. Dedim ki: 'Kafamı kesseniz ben buradan gitmem. Olayları öğrenmeye geldim. Sizi dinleyeceğim.' Onların verdikleri bilgiyle validen gelen bilginin farklı olduğunu gördüm. Bunu sadece bu olayda görmedim. Diyarbakır'da bir olayı yaşadım. Sanırım, bir köye yapılan faili meçhul bir saldırıydı. Ben olayı öğrendikten sonra ilgililerden aldığım bilgiyi arkadaşlarıma ve basına aktardım. Ama daha sonra onun öyle olmadığını başka birtakım kanallarla öğrendim. Yanlış bilgi verdiğimi, bu nedenle de özür dilediğimi ifade ettim. Bana verilen bilgiyle daha sonra öğrendiğim gerçekler arasında farklılıklar vardı. Ve o dönemde başbakan yardımcısıydım."