İddianamede, İP Ankara Genel Merkez binasında yapılan aramada ele geçirilen CD'de, Yargıtay binasına ait kroki ve bilgilerin bulunduğu ifade edilerek, ''Bunların, Yargıtay'da görevli ve Ergenekon terör örgütüyle irtibatlı olan kişi ya da kişilerce hazırlandığı'', buradaki bilgilerden, ''Ergenekon terör örgütü''nün, Yargıtay Başkanlığında görevli üst düzey bir yöneticiye yönelik suikast hazırlığı yaptığının anlaşıldığı vurguladı. ''Ergenekon terör örgütünün, nihai amacına ulaşmak için ülkede darbe zemini oluşturmaya çalıştığı ve Türk Silahlı Kuvvetlerini darbe yapması yönünde teşvik ettiği'' ileri sürülen iddianamede, bu çerçevede darbe zemini oluşturmak için ülkede kaos ve çatışma ortamı oluşturacak eylemler gerçekleştirdiği kaydedildi. İddianamede, ''örgüt üyelerinin, bir dönem kamuoyunda ciddi tartışmalara sebebiyet veren türban konusuyla ilgili öncelikle örgütün kontrolünde olan Cumhuriyet gazetesinde türbanla ilgili ülkede gerginlik oluşmasına sebebiyet verecek karikatür çizdirdikleri, sonra da örgüt içerisinde bulunan suikast timlerine gazeteye bomba attırdıkları'' öne sürülerek, ''devamında da gazetede başyazarlık yapan ve örgütün üst düzey yöneticisi olan İlhan Selçuk'un söz konusu bombalama olaylarının sanki karikatür olayından rahatsız olan kesimlerce yapıldığı yönünde yazılar yazarak, ülkede gerginlik ve kutuplaşma oluşturmaya çalıştığı, böylelikle örgütün hedefleri doğrultusunda darbe için zemin oluşturulmaya çalışıldığı'' iddia edildi. ''Cumhuriyet gazetesinin bombalanmasından hemen sonra, bu kez de aynı tetikçilere türbanla ilgili karar veren Danıştay Başkanlığındaki kurul üyelerine yönelik suikast yaptırıldığı, saldırıdan hemen sonra da örgütün kontrolünde olan medya organları vasıtasıyla söz konusu eylemler sanki türban kararından rahatsız olan kesimlerce yapılmış gibi kamuoyu oluşturularak, ülkede laik-antilaik kutuplaşması ve çatışma ortamı oluşturulmaya çalışıldığı'' savunulan iddianamede, böylelikle her iki olayla bir an evvel darbe zemini oluşmasının hedeflendiği, fakat emniyet güçlerinin yaptığı başarılı çalışmalarla faillerin yakalanmasıyla örgütün amacına ulaşamadığı vurgulandı. İddianamede, ''Ergenekon terör örgütü üst düzey yöneticilerinin, AK Parti'ye kapatma davası açılması için ciddi girişimlerde bulundukları, ele geçirilen kroki ve kroki açılımındaki bilgilerden Yargıtay üst düzey görevlilerine suikast hazırlığı yapılacağı göz önünde bulundurulduğunda, tıpkı Danıştay olayında olduğu gibi örgütün öncelikle Yargıtay Başsavcılığını kapatma davası açması yönünde etkilemeye çalıştığı'' ileri sürülerek, sonraki süreçte de planlarını gerçekleştirmek amacıyla suikast için hür türlü planı yaptıkları anlatıldı. İddianamede, İP Genel Merkezinde yapılan aramada bulunan çok sayıdaki CD'den birinde, Kara Kuvvetleri Komutanı olduğu dönemde Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın belirtilen tarihte İzmir ve Balıkesir illerine yapacağı ziyaretler sırasındaki koruma planının yer aldığının anlaşıldığı kaydedildi. Bu konunun sorulduğu Doğu Perinçek'in şüpheli cevapları, aynı yerden ele geçirilen Yargıtay krokileri ve İzmir NATO Karargahı krokileriyle birlikte değerlendirildiğinde, Orgeneral Büyükanıt'a yönelik kötü amaçlı eylem ve planlar yapılmış olabileceğinin düşünüldüğü belirtildi. İddianamede ayrıca, şüpheliler arasındaki telefon görüşmeleri ve ifade içeriklerinden, ''Ergenekon terör örgütü''nün Kuvayı Milliye Derneğindeki yapılanmasının, Orhan Pamuk, Fehmi Koru, Ahmet Türk, Osman Baydemir veya Sebahat Tuncel'in öldürülmesi konusunda plan yaptığının sabit olduğu ve gerçekleşmesi halinde terör eylemi niteliğinde bulunacağı öne sürüldü.