Birim, öncelikle itirafçılardan kurtulmayı planlıyor. Nihai hedef; JİTEM'in sadece güvenlik görevi ile sınırlandırılması. Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele (JİTEM) biriminin adı, Ergenekon Terör Örgütü davası ile yeniden gündemde. Bir zamanlar Doğu ve Güneydoğu Anadolu'da işlenen faili meçhul cinayetler ile Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli askerlerin JİTEM'de görev almış olması ister istemez gözleri bu birime çevirdi. Emekli Tuğgeneral Veli Küçük, emekli Albay Arif Doğan, emekli Tuğgeneral Levent Ersöz, intihar eden emekli Albay Abdülkerim Kırca'nın bir dönem JİTEM'in üst düzey yöneticisi olması tartışmaları alevlendirdi. Savcı Zekeriya Öz'ün Diyarbakır Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen JİTEM dava dosyasını istemesi de Ergenekon örgütü ile bu birim arasında ilişki olduğunu gösteren bir işaret gibiydi. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan istenen dosya, Güneydoğu'da 1988-1993 yılları arasında 'adam öldürmek, araç bombalamak, suikast, adam kaçırıp öldürmek, fidye almak' gibi suçlardan haklarında ömür boyu hapis cezası talebiyle dava açılan ve 10 yıldır Diyarbakır 3'üncü Ağır Ceza Mahkemesi'nde tutuksuz yargılanan PKK itirafçıları İbrahim Babat, Adil Timurtaş, Recep Tiril, Ali Ozansoy, Hüseyin Tilki, Hayrettin Toka, Fethi Çetin ve Abdulkadir Aygan ile jandarma istihbarat elemanları Mehmet Zahir Karadeniz, Lokman Gündüz ve korucu Faysal Şanlı ile ilgili davayı kapsıyor. Bu dosya, biraz da emekli Albay Arif Doğan'ın JİTEM yöneticiliği yaptığı dönemde üç köylünün öldürülmesiyle ilgili. Tanıkların Silopi, Cizre ve Şırnak hattındaki ölüm kuyularının JİTEM tarafından kullanıldığını anlatmaları da bu noktada önem kazanıyor. Çünkü bu bilgiler kamuoyunda yayıldıkça JİTEM'e tepki artıyor. İddiaya göre, Jandarma Genel Komutanlığı (JGK) da bu tepkiyi kırmak için bir çalışma başlattı. Yeni adıyla Jandarma İstihbarat Timi (JİT) olan bu birimde önemli değişikliklere gidilecek. Bu alanda görev yürüten eleman sayısı azaltılacak, şimdiye kadar kullanılan 'itirafçı' ve 'haberci' sisteminden vazgeçilecek. Sadece jandarma komutanlıklarına bağlı çalışan subay ve astsubaylar kullanılacak. İlk aşamada JİTEM'e bağlı çalışan Eleman (Ajan), Mutemet, Haberci, Görülen Şahıs birimlerinde görev alanların sayısı azaltılacak ve bu birimlerin bir kısmı kapatılacak. Özellikle Doğu ve Güneydoğu'daki faili meçhul cinayetlerle anılan JİTEM adının Şemdinli'deki kitap evinin bombalanmasıyla ayyuka çıkması aslında bu birim için sonun başlangıcı olmuştu. Bu olayın ardından uzun süre sessiz kalan JGK'nın Ergenekon soruşturması sürecinde tekrar gündeme gelen birimi artık mevcut şekliyle istemediği belirtiliyor. JİTEM bundan sonra sadece güvenlik konusunda faaliyet yürütecek ve terörle mücadele alanlarında kullanılacak. Bir dönem itirafçılık müessesesini bünyesine alarak faaliyet yürüten JİTEM'e karşı açılan davalar da bu birimi iyice yıprattı. Burdur, Antalya, Diyarbakır, Silopi gibi yerlerde itirafçı JİTEM mensuplarının karıştığı olaylar mahkemelere intikal ettirildi. Terör örgütü PKK'dan ayrılanların devletin resmî bir kurumu tarafından 'kirli' işlerde kullanılması ve daha sonra kontrol edilememesi de birimi zor durumda bıraktı. JİTEM, personel eksiltmeye ilk önce itirafçılarla başlayacak. Ancak yıllardan beri kullanılan çok sayıdaki itirafçının nasıl tasfiye edileceği henüz net değil. Her şeyden önce 'Ne kadar itirafçı var?' sorusunun cevabı önemli. JİTEM veya devletin herhangi bir resmî kurumun bu konuda bir beyanı yok. Ancak 500 kadar itirafçının JİTEM bünyesinde görev yaptığı ileri sürülüyor.