Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın, emekli albay Arif Doğan'ın kamuoyuna yansıyan bir takım açıklamaları nedeniyle JİTEM ile ilgili başlattığı soruşturmada, JİTEM adlı oluşumun, İçişleri Bakanlığının onayı olmadan ve Genelkurmay Başkanlığının görüşü alınmadan, Jandarma Genel Komutanlığının kendi inisiyatifiyle kurulduğu tespit edildi. AA muhabirinin aldığı bilgiye göre, terör ve organize suçlara bakmakla görevli Cumhuriyet Savcısı Hakan Yüksel tarafından bir süre önce başlatılan soruşturma çerçevesinde, ''JİTEM adlı bir oluşumun var olup olmadığı'' konusunda, İçişleri Bakanlığı, Genelkurmay Başkanlığı, Jandarma Genel Komutanlığı, MİT Müsteşarlığı ve Emniyet Genel Müdürlüğüne yazılar yazdı. Gelen cevaplarda, JİTEM'in varlığı kabul edilerek, ''Bu birimin terörle mücadele kapsamında faaliyet yürüten bir oluşum'' olduğu kaydedildi. Öte yandan, Jandarma Genel Komutanlığından verilen cevapta ise JİTEM adlı oluşumun, 1990 yılında sonlandırıldığı ifade edildi. Savcı Yüksel, soruşturma kapsamında, JİTEM'in kurulduğu kabul edilen 1988 yılından 2005 yılına kadarki süreci ve söz konusu oluşuma atfedilen faaliyetleri mercek altına aldı. Savcı Yüksel'in yürüttüğü soruşturmada, JİTEM adlı oluşumun, İçişleri Bakanlığının onayı olmadan ve Genelkurmay Başkanlığının görüşü alınmadan, Jandarma Genel Komutanlığının kendi inisiyatifiyle kurulduğu tespit edildi. Söz konusu oluşumla ilgili olarak asker şahıslar hakkında yapılan soruşturma çerçevesinde savcı Yüksel, ''yetkisizlik'' kararı vererek, dosyayı Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.