Tuncay Güney’in iddialarıyla ilgili olarak 2001’de başlatılan ilk Ergenekon “ön çalışma”sını yürüten dönemin Organize Suçlar Şube Müdürlüğü, İstihbarat Şubesi’nden yeterli bilgi gelmediği gerekçesiyle çalışmayı bitirmişti. Bu ilk araştırmayı örtbas etmekle suçlanan dönemin Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Ergenekon operasyonlarının 9. dalgasında “Ergenekon terör örgütü üyesi” olduğu iddiasıyla tutuklanmıştı. Milliyet, Güney’in 2001 yılındaki iddialarıyla ilgili olarak başlatılan çalışmayı bitiren, Savcı Muzaffer Yalçın imzalı o belgeye ulaştı. Belgeye göre, Ergenekon’un ilk (ön) soruşturması şöyle başladı: Timur Büyükölmez isimli bir kişi, Asayiş Şube Müdürlüğü’ne başvurarak dolandırıldığı iddiasıyla Tuncay Güney ve arkadaşları hakkında şikâyette bulundu. Güney, 2 Mart 2001’de gözaltına alındı ve evinde yapılan aramalarda 4 çanta içinde dolandırıcılık iddiasıyla ilgisi olmayan evrak bulundu. Güney’in evraklarla ilgili olarak Veli Küçük’ün liderliğindeki bir suç örgütünden bahsetmesi üzerine, konu 15 Mart’ta Organize Suçlar Şube Müdürlüğü’ne iletildi. Konuyu değerlendiren Organize Suçlar Şube Müdürlüğü, dönemin Devlet Güvenlik Mahkemesi (DGM) Başsavcılığı’na başvurarak “projeli çalışma” için izin istedi. ‘Susurluk’la bağlantılı’ Başsavcılık bu izni vererek konuyla ilgili olarak da savcı Muzaffer Yalçın’ı görevlendirdi. Başsavcı Aykut Cengiz Engin, savcı Yalçın’a gönderdiği 16 Mart 2001 tarihli görevlendirme yazısında “İddiaların Susurluk olayı ile ilgili bulunması sebebiyle evveliyatına eklenerek, kanuni gereğinin takdir ve ifası rica olunur” dedi. Alınan “ön çalışma” izni sonucunda çalışmaya başlayan Adil Serdar Saçan’ın yönettiği Organize Suçlar Şube Müdürlüğü, DGM’nin ön çalışma izni veren yazısını ve Güney’den ele geçirilen belge ve bilgileri aynı gün İstihbarat Şube Müdürlüğü’ne gönderdi. Saçan, soruşturmanın başlamasından 5 ay sonra, 22 Temmuz 2001’de, İstihbarat Şubesi’ne tekrar bir yazı yazarak Güney’in iddialarıyla ilgili olarak nasıl bir çalışma yaptıklarını sordu. İstihbarat Şubesi ellerinde herhangi bir bilgi ya da belgenin olmadığını, herhangi bir telefonun dinlenip kayıt altına alınmamış olduğunu bildirdi. Yalçın: Son verilmesi uygundur İstihbarat Şubesi’nin yaptığı çalışmalarda herhangi bir sonuca ulaşamadığını belirtmesi üzerine 14 Kasım 2002’de DGM Başsavcılığı’na tekrar “çok gizli” ibareli bir yazı yazan Saçan, yapılan çalışmalar sonucunda Güney’in iddialarına yönelik olarak herhangi bir suç unsuru durumu tespit edilemediğini belirterek başlatılan ön çalışmaya son verilmesi konusunda “çok gizli” ibareli bir yazı yazdı. Güney’in iddiaları üzerine Veli Küçük ve Ergenekon hakkında başlatılan ilk ön çalışma aynı gün ilgili Savcı Muzaffer Yalçın’ın imzası ve “Son verilmesi uygundur” notuyla bitirildi. İşte Savcı Muzaffer Yalçın’ın “Son verilmesi uygundur” yazısıyla soruşturmayı bitirdiği belge... Ön çalışma nedir? Bir soruşturmaya başlamadan önce ilgili konuda gerçekten bir suçun olup olmadığı, soruşturma açmak için yeterli delil olup olmadığının araştırılmasıdır. Soruşturma kaydı yapılmaksızın, dosya görevli bir savcıya verilir ve toplanan deliller başsavcılığa sunulur ve duruma göre soruşturma başlatılıp başlatılmayacağına karar verilir.