İddianamenin satır aralarında örgüt, bağımsız üniversitelerde öğretim üyelerini fişleyerek, kadrolaşmaya gittiği ve bazı üniversite rektörleriyle de yakın ilişkiler kurup, eğitim yuvalarında yapılandıkları açıkça görülüyor. Devletin her kademesine sızma girişiminde bulunan Ergenekon terör örgütünün üniversitelerde gizli bir yapılanma içerisine girdiği netlik kazandı. ÜNİVERSİTELERDE KADROLAŞMA İddianamede, örgütün üniversiteler başta olmak üzere bütün eğitim kurumlarında, kendi ideoloji ve düşüncelerini paylaşan akademisyen, öğretim görevlisi ve öğrenci kitlelerini bazı eylemlerde kullanmak için çalışma başlattığı yer alıyor. Ergenekon'un üniversite ilişkisi Veli Küçük'ün, Giresun Üniversitesi Rektörü Osman Metin Öztürk ile yaptığı samimi telefon görüşmelerinde net bir şekilde görülüyor. Giresun Üniversitesi Rektörü Anlatıyor OSMAN METİN ÖZTÜRK: "GİRESUN ÜNİVERSİTESİNİN REKTÖRÜ OLDUM EFENDİM. KENDİMİ UNUTTURMAYAYIM SİZE TEKMİL VEREYİM İSTEDİM. HER ZAMAN EMRİNİZDE HİZMETİNİZDEYİM" ÖĞRETİM ÜYELERİNİ FİŞLEMİŞLER İddianamede örgütün, üniversitelerde kendisi gibi düşünmeyen ve hareket etmeyenleri tespit edip, bu kişileri eleyerek kadrolaşmaya gittiği ortaya çıkıyor. Örgüte yönelik yapılan operasyonlarda ele geçirilen dokümanlarda, Elazığ Fırat Üniversitesi'nin mezuniyet gecesine katılanlar hakkında rapor tutulduğu ve Dicle Üniversitesi'ndeki bazı öğretim üyelerinin isimleri ve bu şahısların faaliyetlerinin takip edildiği tespit edildi. Ayrıca Konya Selçuk Üniversitesi'nde onlarca öğretim görevlisinin özel hayatlarına kadar birçok bilginin öğrenildiği ve fişleme yapıldığı görülüyor. İddianamede, üniversitelerdeki yapılanmanın önderliğinde, tutuksuz olarak yargılanan İstanbul Üniversitesi eski Rektörü Kemal Alemdaroğlu'nun olduğu iddia ediliyor. Görüşme dökümlerinde Akdeniz Üniversitesi eski Rektörü Mustafa Akaydın'ın, Alemdaroğlu'na "Siz Bizim Taktik ağabeyimizsiniz" demesi dikkat çekiyor. TAKTİK ABİ ALEMDAROĞLU "Taktik Abi" Alemdaroğlu'nun 25 Ekim 2003 tarihinde Ankara Üniversitesi eski Rektörü Nusret Aras'ın düzenlediği mitingde, CHP İstanbul Milletvekili Nur Serter ile yine ön sıralarda görünmesi eylemleri organize ettiği iddialarını daha da güçlendirdi. Çünkü aynı yürüyüşte sivil iradeyi yok sayan "Ordu göreve" pankartının, İstanbul Üniversitesi öğrencileri tarafından açılması, örgütün üniversitelerdeki eylem planlarından biri olarak kaydedildi. Aynı Kemal Alemdaroğlu'nun, ismi bilinmeyen bir bayan ile yaptığı telefon görüşmesinde ise Meclis'e yürüme planları yapıyor. Kemal Alemdaroğlu'nun planları... K.ALEMDAROGLU: "BEN ŞÖYLE BİR ŞEY DÜŞÜNDÜM BUGÜN İŞTE ACABA ADD, REKTÖRLERİ ANKARA'DA BİR TOPLANTIYA ÇAĞIRIP, ÇARŞAMBA VEYA CUMA MECLİSE YÜRÜTTÜREBİLİR Mİ ONLARI?" X BAYAN: "ANLADIM DA YANİ İSTERSENİZ SİZ ŞENER PAŞAYLA KONUŞUN BU KONUYU BEN KENDİSİYLE KONUŞMUYORUM"