Ergenekon'dan çıkan hapis cezaları Yargıtay tarafından onaylanırsa, muvazzaf ve emekli personel er statüsüne düşecek. Emekli general ve amirallerin rütbeleri sökülecek, madalya ve nişanları geri alınacak. Muvazzaf askerlere er iaşesi verilecek. Bu durumda İlker Başbuğ, Rüştü Erdelhun’dan sonra TSK tarihinde Genelkurmay Başkanı düzeyinde rütbesi sökülen ikinci komutan olacak. 

Tutuklu muvazzaf askerler ancak hizmet eri tazminatından yararlanabilecek. Bu kapsamda hapis cezası alınan muvazzaf personelin ailelerine, talep etmeleri halinde doğum yardım ödeneği, ölüm yardım ödeneği, tedavi ve cenaze masrafları, yakacak yardımı, giyecek ve yiyecek yardımı yapılacak.

Hizmet süresini dolduran general ve amirallerin kararın kesinleşmesinden sonra emeklilik için başvurma hakları bulunuyor. Eğer bu komutanlar emeklilik talebinde bulunurlarsa hiçbir tazminat ödemeden hizmet süresini doldurdukları için emekli olabilecek ve emekli maaşlarını alabilecekler. Generallerin rütbeleri sökülecek, er statüsüyle emekli olmuş sayılacak. Ancak Emekli Sandığı tarafından ödenen maaşlarında bir değişiklik olmayacak. Emekli generaller ve aileleri lojman, orduevi gibi tüm sosyal haklarını da kaybedecek.