Cumhuriyet Gazetesi'ne molotofkokteyli atılmasıyla ilgili davaya bakan İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi dosyanın Ergenekon ile birleştirilmesini istemiş, Ergenekon davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi ise birleştirilmesine yer olmadığına karar vermişti. Anlaşmazlık üzerine dosyalar Yargıtay'a gönderilmişti. Yargıtay da 9 gün içerisinde karar vererek dosyaların birleştirilmesine hükmetti. Ergenekon davasıyla bir dava daha birleştirildi. İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi, Cumhuriyet Gazetesi'ne molotofkokteyli atılmasıyla ilgili davanın Ergenekon davasıyla birleştirilmesini istemişti. Mahkeme, 22 Aralık 2010 tarihinde görülen duruşmada, davanın sanıklarının iddia edilen Ergenekon terör örgütünün amaçları doğrultusunda atılı eylemleri işledikleri, Ergenekon terör örgütüne yardım ettikleri iddiası ile yargılandıklarını hatırlatmıştı. 12. Ağır Ceza Mahkemesi dosyaları Ergenekon davasına bakan 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne göndermişti. Bu kararı inceleyen 13. Ağır Ceza Mahkemesi ise iddianamede birleştirme talebi bulunmadığını ve iş yükünün artacağını belirterek birleştirmeye yer olmadığına karar vermişti. İki mahkeme arasındaki uyuşmazlık üzerine 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 10 klasörden oluşan Cumhuriyet gazetesine molotof atılması ile ilgili dava dosyası ile 750 klasör, 10 DVD'den oluşan Ergenekon dava dosyasını 4 Nisan 2011 tarihinde Yargıtay'a gönderilmek üzere İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na göndermişti. Buradan Yargıtay'a gönderilen dava dosyaları ile ilgili 12 Nisan 2011 tarihinde Yargıtay Cumhuriyet Savcısı Ali Karaisli, iki dosyanın birleştirilmesinde fiili ve hukuki yarar görmediği yönünde görüş bildirdi. Ancak, Yargıtay 5. Ceza Dairesi 13 Nisan 2011 tarihinde oy birliği ile davanın Ergenekon ile birleştirilmesine karar verdi. Dairenin kararında, "Her iki mahkemenin dava dosyaları arasında sanıklar ve suçlar yönünden şahsi, hukuki ve fiili irtibat bulunduğu anlaşılmakla, davaların birlikte yürütülmesinde yarar görülmektedir." denildi. Yargıtay 5. Ceza Dairesi birleştirme kararının ardından dosyaları İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderdi. 13. Ağır Ceza Mahkemesi de molotof davası sanıklarının duruşmada hazır edilmeleri için yazı yazdı. Molotof atılmasıyla ilgili davanın tutuklu sanıklarından Boğaç Kaan Murathan'ın avukatı Burak Bekiroğlu, Türk hukuk tarihinde bir ilkin gerçekleştiği görüşünde. Jet hızıyla ulaşım da dahil tüm işlemlerin 14 gün içerisinde bittiğini belirten Bekiroğlu, "Müvekkilim 28 aydır bir kişinin beyanı üzerine tutuklu bulunuyor. Uyuşmazlığın çözümünün uzaması halinde aylarca tutukluluk devam edecekti. Müvekkilim ve diğer sanıklar daha da mağdur olacaktı. Ancak Yargıtay kararı bu kadar hızlı vermesi tutuklu sanıkların mağduriyetlerini engelleyecektir. Sayın Başbakan Recep Tayyip Erdoğan da mağduriyetlerin engellenmesi için yargılamanın hızlı yapılmasını dile getiriyordu. Bu hızlı kararla da Başbakan doğrulanmış oldu." diye konuştu. 30 Mart 2008 tarihinde Cumhuriyet gazetesine molotofkokteyli atılmasıyla ilgili davada 6'sı tutuklu 8 sanık yargılanıyordu.