ADD içindeki antiemperyalist muhalifler, Genel Başkan emekli Orgeneral Şener Eruygur ve yardımcısı Prof. Dr. Nur Serter'i Avrupa Birliği fonlarından beslenmekle suçluyordu. Kapağında Şener Eruygur'un paşa üniformalı fotoğrafına yer veren Yeniden Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Dergisi, Atatürkçü Düşünce Derneği'ne ağır eleştiriler yöneltti. Ankara'da 17 Aralık 2006'da toplanan ADD Genel Yönetim Kurulu olağanüstü seçim kararı aldı ve genel kurulun ay sonunda toplanmasını istedi. Mevcut yönetim ve muhalif kanat 27 Ocak'ta son kozlarını paylaşacak. Ya Eruygur Paşa yönetimi gidecek ya da muhalifler tasfiyeye uğrayacak. Dernek, şu anki yönetimden önce de İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek'in arka bahçesi olmakla itham edilmişti. Jandarma eski Genel Komutanı emekli Orgeneral Şener Eruygur, ulusalcıların yakından takip ettiği ve emekli savcı Çetin Yetkin tarafından yayınlanan Yeniden Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Dergisi'nin son sayısında ağır eleştirilere muhatap oldu. Söz konusu derginin kapağında Eruygur Paşa'nın üniformalı bir fotoğrafı kullanılarak 'ADD'de ne yapmak istiyor?' başlığı atılması dikkat çekti. Dergide 'Müdafaa-i Hukuk'tan Atatürkçü Düşünce'ye' başlığı ile bir makale yazan Prof. Dr. Anıl Çeçen, "ABD daha aktif davranarak dernek yönetimini pasif bir çizgiye çekebilecek kadroların ADD başına gelebilmesi için yeni örgütlenmelere kalkışmıştır." iddiasında bulundu. Muhalifler, Genel Başkan Eruygur ve yardımcısı Prof. Dr. Serter'in bu görevlere gelmeden önce ismi PKK ile anılan Çağdaş Eğitim Vakfı'nın (ÇEV) yönetiminde bulunduğuna dikkat çekiyor. İki ismin hâlâ bu görevlerini sürdürdüğünü vurgulayan muhalifler, ÇEV'in 2004-2005 yıllarında AB'de üç proje için toplam yaklaşık 700 bin Euro hibe aldığını öne sürüyor. Antiemperyalist kanat, mevcut yönetimi son dönemlerde yaptığı eylemlerle Atatürkçülüğü sadece laiklikle sınırlayıp emperyalizme karşı mücadeleyi göz ardı etmekle de suçluyor. ADD içindeki tartışmalar mevcut yönetimi bunaltmış durumda. ADD Genel Başkanı emekli Orgeneral Eruygur, olağanüstü genel kurul kararı ile ilgili, "Bu seçim ADD'nin bir iç meselesi olarak ele alınmalı, dışarıya karşı birlik ve beraberliğimiz her zamankinden daha etkin şekilde gösterilmeli." şeklinde yorumda bulundu. Alınan karar gereği ADD'de olağanüstü genel kurulun 20-21 Ocak 2007 tarihinde yapılması gerekiyor. Çoğunluk sağlanamadığı takdirde, genel kurul çoğunluk aranmadan 27-28 Ocak 2007 tarihleri arasında yapılacak.