Bakanlıkça 81 il valiliğine gönderilen yazıda, dernekle ilgili yolsuzluklara dikkat çekilerek, gelebilecek işbirliği tekliflerinin kabul edilmemesi istendi. İsmi Danıştay saldırısı sırasında da gündeme gelen VKGB hakkındaki şikayetler üzerine İçişleri Bakanlığı inceleme başlattı. Mülkiye müfettişleri 31 Ocak-3 Nisan 2006 tarihleri arasında yaptığı incelemelerde bazı yolsuzluklar tespit etti. Derneğin, 213 sayılı Vergi Usul Kanunu’na göre işletme hesabı defterini tutmadığı ve yaklaşık 1,5 milyon YTL'lik üye aidatları ve yardım bağışlarının resmî kayıtlara geçmediği belirlenmişti. Bakanlık tarafından valiliklere gönderilen uyarı yazısında dernekle ilgili bilgilere yer verildi. Araştırmalarda derneğin harcamalarının olduğundan fazla gösterilerek elde edilen gelirlerin şahsi menfaatler için harcandığı kaydedildi. Vatansever Kuvvetler Güç Birliği Hareketi Derneği (VKGB)’nin sigorta mevzuatının öngördüğü yükümlülükleri yerine getirmeden personel çalıştırdığının vurgulandığı yazıda, dernek işletmelerinin yasalara aykırı olarak yapıldığı, kayıt defterlerinin usulsüz tutulduğu ve sahte imzalarla kararlar alınıp evrakların tanzim edildiğine dikkat çekildi. Usulsüz bir şekilde oluşturulan defter ve kayıtların genel başkan tarafından yok edildiği veya gizlendiği iddia edildi. Şubelerin kuruluşlarının mevzuatlara aykırı şekilde yapıldığı açıklanan yazıda derneğin geçici yönetim kurulunun yetki alanına girmeyen konularda kararlar aldığına dikkat çekildi. Yazıda şu görüşlere yer verildi: “Dernek herkes tarafından ortak kabul edilen değerleri suistimal ediyor. Bu şekilde provokatif eylemlerde bulunduğuna dair hususlar dikkat çekiyor. Kamu kurum ve kuruluşları bu dernek ve şubelerinin yardım ve işbirliği taleplerine olumlu cevap vermemeli.” VKGB’nin bir denetleme üyesi geçtiğimiz aylarda İçişleri Bakanlığı’na şikayet dilekçesi vererek Genel Başkan Taner Ünal’ın, derneği ‘kendi çıkarları uğruna kullandığı ve yolsuzluk yaptığı’ iddiasında bulunmuştu. Bakanlık, dernek hakkında inceleme yapmak için 4 mülkiye müfettişini görevlendirmişti.