Ergenekon sanığı emekli Yüzbaşı Hasan Ataman yıldırım'dan çıkan belge, asker kökenli örgüt üyelerine nasıl uyarılarda bulunulduğunu gösteriyor. Bir yandan Asrın Davası'nın sanıklarına müdahale, öbür yandan dışarıdaki örgüt üyelerine uyarılar. 3. iddianamede yer alan belgeler, iddia edilen ETÖ'nün dışarıdaki uzantılarının da boş durmadığını ortaya koyuyor. Ergenekon'un örgüt içi istihbarat ve motivasyon sorumlusu olduğu iddia edilen emekli Yüzbaşı Hasan Ataman Yıldırım'ın evinden, 40 sanık hakkında hazırlanmış çok çarpıcı notlar ele geçirilmişti. Bu notlarda, davanın ve sanıkların kontrol altında tutulması için örgütün denediği akıl almaz yöntemler yazıyordu. Ergenekon Davası'nın başladığı ilk günlerde " Her şeyi açıklayacağım. Danıştay'ı açıklayacağım" diyen tutuklu sanık Hüseyin Görüm için, "kontrol altına alınmalı" deniyordu. Yaklaşık bir yıl önce hazırlandığı anlaşılan belgede, Danıştay tetikçisi Alparslan Arslan'ın da ismi vardı. Saldırı sonrası ailesi ve avukatlarının farklı ifadeler verdikleri Arslan'ın isminin yanına düşülmüş not dikkat çekiyordu. Emekli yüzbaşı Ataman Yıldırım'dan ele geçirildiği ileri sürülen bir başka belgede ise örgütün dışarıda da önlem almaya çalıştığı anlaşılıyor. Asker oldukları anlaşılan şahısların tedbirsiz davranmalarının, Ergenekon içinde rahatsızlık oluşturduğu dikkat çekiyor. İlgili notlarda, hazırlayan kişinin ağır hakaretleri de göze çarpıyor. Notlarda deşifre olmalarından tedirgin olunduğu anlaşılan bu kişilere, "uyarı" yapılması gerektiği vurgulanıyor.