Perinçek’in cezaevinden kendine seçtiği yeni hedef CHP lideri Baykal oldu. Baykal’ın son zamanlarda İslamiyet ile ilgili sözleri Perinçek’i çılgına çevirdi. Baykal’ın kurultayda “Herkes İslamiyet’i serbestçe yaşayacak” vaadi ise Perinçek için bardağı taşıran son damla oldu. Aydınlık dergisi için yazdığı başyazıda Baykal’a bu sözlerinden dolayı sert tepki gösterdi. Yine Baykal’ın “İslamiyet’i yaşayalım, ama devlet hayatını dine göre düzenlemeyelim” sözlerine Perinçek, eğer böyle söylersen “7.-18. yüzyılın hayatını yaşamayı caiz gören bir fetva vermiş olursun” cümleleriyle tepki gösterdi. 48 yıllık dostum dediği Baykal’ın , Kemalist devrim laikliğinin ne olduğunu bilip yaşadığını belirten Perinçek, Baykal’a unuttuğu CHP laikliğini hatırlattı. İP liderine göre CHP laikliği şunu öngörüyor: “Din, toplum işlerine karışamaz. Toplum, din kurallarına göre düzenlenemez. Toplum ve bireyler, İslamiyet’i yaşayamaz; çağdaş ve demokratik ölçülerde yaşar.”