Üniversite ve özel hastanelere yönelik vergi incelemesi gerçekleştiren Maliye Bakanlığı, kurucu rektörlüğünü Ergenekon davasının tutuklu sanıklarından Prof. Dr. Mehmet Haberal'ın yaptığı Başkent Üniversitesi'nde ilginç sonuçlara ulaştı. Denetim birimleri tarafından yapılan defter ve belge kontrollerinde Başkent Üniversitesi Hastanesi'nin vatandaştan tahsil ettiği KDV'nin vergisini eksik ödediği ortaya çıktı. Mart-Aralık 2005 ile Ocak-Eylül 2006 vergilendirme dönemlerine ilişkin işlemleri Katma Değer Vergisi yönünden inceleyen denetim birimleri kuruma yaklaşık 20 milyon liralık vergi faturası çıkardı. Yanılma hali sebebiyle vergi ziyaı cezası kesilmezken, çıkarılan vergi faturasının gecikme faiziyle birlikte 30 milyon liranın üzerine çıkabileceği hesaplanıyor. Maliye tarafından düzenlenen raporda mükellef kurumun Katma Değer Vergisi Kanunu'na göre kısmi istisna olan ve indirim hakkı olmadığı halde sağlık hizmetlerine tekabül eden yüklendiği KDV'yi indirim konusu yaptığına dikkat çekiliyor. İncelemede yapılan kontrollerde 1 Mart 2005 ile 2 Mart 2006 tarihleri arasında düzenlenen faturalarda müşteriden KDV istenmesine rağmen alınan paranın tamamının vergisinin ödenmediği tespit edildi. Başkent Üniversitesi'nin 2005 ve 2006 yılına ilişkin hesaplarının incelenmesi sonucunda bulunan vergi farkı defter ve belgeler üzerinden tespit edildiğinden tarhiyat (verginin hesaplanması) ikmalen yapılacak. Denetim birimleri tarafından yazılan raporda kurucu vakıf tüzel kişiliğinden farklı bir tüzel kişiliğe sahip bulunan Başkent Üniversitesi bünyesindeki hastane uygulama ve araştırma merkezleri tarafından verilen sağlık hizmetleri için istisnadan vazgeçmenin mümkün olmadığı ifade ediliyor. Mükellef kurumun kendi isteğiyle istisnadan vazgeçme hakkı olmadığı halde istisnadan vazgeçerek KDV'li fatura düzenlediği belirtilirken, sonrasında kurum tarafından tekrar istisnalı fatura düzenleme talebinde bulunduğu kaydediliyor. Bu isteğe Gelir İdaresi tarafından Nisan 2006'da verilen cevapta "İstisnadan vazgeçme tarihi ile istisna kapsamında işlem yapılmaya başlanılacak tarih arasında beyan edilip ödenen vergiler için mükellef lehine düzeltme ve iade yapılmayacağı tabiidir." ifadelerinin yer aldığı belirtilerek, kısmi istisna niteliğindeki sağlık hizmetleri sebebiyle yüklenilen KDV'nin indirim konusu yapılamayacağı vurgulanıyor. Başkent Üniversitesi'nin kurucu rektörü, Ergenekon davasının tutuklu sanıklarından Prof. Dr. Mehmet Haberal. Vergi dairesi kayıtlarında ve verilen beyannamelerde mükellef unvanı Başkent Üniversitesi Hastanesi olarak yer alıyor. Başkent Üniversitesi 1994 yılında Türkiye Organ Nakli ve Yanık Tedavi Vakfı ile Haberal Eğitim Vakfı tarafından 2547 sayılı kanunun vakıf yükseköğretim kurumlarına ilişkin hükümlerine tabi olmak üzere kuruldu. Üniversite, 2547 sayılı YÖK Kanunu'nun 56. maddesindeki düzenlemeye istinaden Kurumlar Vergisi Kanunu'nun dördüncü maddesine göre bu vergiden muaf tutuluyor. Üniversite 1 Mart 2005'te vergi sağlık ve eğitim hizmeti için KDV mükellefi olmuştu.