Son dönemde cezaevi yerine usulsüz olarak hastanede yattığı ve kurucu rektörü olduğu Başkent Üniversitesi'nde hukuka aykırı para trafiği nedeniyle "YÖK el koysun" talebi ile karşı karşıya kalan Prof. Mehmet Haberal'e ait olan Başkent Üniversitesi Hastaneleri, Maliye Bakanlığı'nın denetiminden de geçemedi. Türkiye genelindeki tüm üniversite ve özel hastanelere yönelik vergi incelemesi başlatan Maliye Bakanlığı, bu kapsamda Başkent Üniversitesi hastanelerinin de vergi kayıtlarını mercek altına aldı. Vergi uzmanları hastanede yaptığı denetimde Mart 2005 ile Eylül 2006 vergilendirme dönemlerinde Başkent Hastanesi'nin bazı hizmetlerde KDV istisnası aldığı tespit etti. Ancak bu dönemde hastanenin vatandaştan KDV almaya devam ederken bu KDV'yi Maliye Bakanlığı'na ödenmediği tespit edildi. CEZA 30 MİLYONU BULDU Başkent Hastanesi'ne ilgili dönemlere ait vergi farkı nedeniyle 20 milyon liralık vergi cezası çıkarıldı. Ceza hastaneye tebliğ edildi. Yetkililer cezanın yasal faizi ile 30 milyon lirayı bulduğu belirtiliyor. Sayıştay denetçileri de Başkent Hastanesine yönelik yaptıkları imcelemede Başkent ve Çağ üniversite hastanelerine usulsüz olarak 2 milyon 319 bin liralık yardım transfer edildiğini tespit etmişti. Sayıştay ortaya çıkan zararın denetlenerek ilgililerden tahsil edilmesi talebinde bulunmuştu.