Ergenekon hakim ve savcılarının yerini değiştirmek isteyen HSYK üyeleri ile Ergenekon soruşturması hakkında yaptığı açıklamalar sebebiyle Eminağaoğlu hakkında, Yargıtay 1. Başkanlar Kurulu, soruşturma açtı. Hakim ve savcı atamalarının yapıldığı yaz kararnamesinde yaşanan kriz HSYK üyelerine soruşturma olarak döndü. Yargıtay 1'inci Başkanlar Kurulu, HSYK Başkan Vekili Kadir Özbek ile üyeler Ali Suat Ertosun, Musa Tekin ve Orhan Cem Erbük hakkında görevi kötüye kullanma suçlamasıyla soruşturma başlattı. Görevini kötüye kullandığı gerekçesi ile hakkında soruşturma açılan bir başka isim ise YARSAV Başkanı Ömer Faruk Eminağaoğlu. YARSAV Başkanı, Ergenekon soruşturması sürecinde yargıyı etkileyebilecek açıklamaları ile dikkat çekmişti. YARSAV Başkanı ile HSYK üyelerinin beklemediği bu soruşturma Adana'daki bir suç duyurusu üzerine gerçekleşti. Adana Adliyesi'nde görevli zabit İsmail Can, 28 Haziran 2009'da Yargıtay'a suç duyurusunda bulunmuştu. Can dilekçesinde, HSYK üyeleri ile Eminağaoğlu'nu "Ergenekon Silahlı terör örgütü soruşturmasında görevli savcılar ve hakimleri görevden almaya çalışarak, soruşturmayı sulandırmak ve akim bırakmaya çalışmak ile suçluyor. AĞIR SUÇLAMALAR Suçlamalar bununla sınırlı değil. Zabit İsmail Can, yargının önemli noktalarındaki bu isimleri "terör örgütüne yardım etmek" ve "görevlerini kötüye kullanmakla" da suçluyor. Bir yargıç için çok ağır suçlamaların yer aldığı bu dilekçeyi, inceleyen Yargıtay Başkanlığı, HSYK'nın 4 üyesi ve Eminağaoğlu hakkında, 1'inci Başkanlar Kurulu aracılığı ile soruşturma başlattı. Diğer yandan Can'ın, Adana Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından ifadesi alındı. Can ifadesinde, Adalet Bakanı Sadullah Ergin ile Müsteşarı Ahmet Kahraman'ın tanık olarak dinlenmesini talep etti. Şikayetinin geçerliliğini kanıtlamak için ise YARSAV Başkanı Eminağaoğlu'nun Ergenekon ile ilgili açıklamalarının dökümünü verdi. BAKANIN AÇIKLAMASI DELİL KLASÖRÜNDE Zabit İsmail Can ayrıca savcılığa bir de delil sundu. Can'ın sunduğu delil, Adalet Bakanı Sadullah Ergin'in HSYK toplantılarıyla ilgili yaptığı açıklamaydı. Yaz kararnamesi sürecinde başta Ergenekon olmak üzere bazı kritik davalara bakan hakim ve savcıların yerleri değiştirilmek istenmişti. Sürecin tıkanma sebebinin HSYK'nın tavrı olduğunu Adalet Bakanı da teyit etmişti. Dilekçenin sahibi Can, Eminağaoğlu'nu da dava sürecini sulandırmakla suçluyor. Can savcılıktaki ifadesinde ayrıca HSYK'nın Ergenekon savcılarının yerini değiştirmek istemesini soruşturmayı sonuçsuz bırakmaya yönelik girişimler olarak değerlendirdi.