Soruşturma evrakına yansıyan belgelere göre, ÇEV, 2000 yılında Dünya Kiliseler Birliği'nden, haziranda 60 bin olmak üzere birçok kez bağış almış. 2001'de ise periyodik olarak ocakta 40 binle başlayan yardımlar, her ay 25 bin dolar şeklinde devam etmiş. Fener Rum Patriği Bartholomeos da ÇEV'e 20 bin dolar bağışlamış. Vakıflar Genel Müdürlüğü müfettişlerinin 2002 tarihli raporlarına göre, yardımlar 17 Ağustos 1999'dan sonra düzenli olarak gerçekleşmiş. Ancak ÇEV, Vakıflar Kanunu'na göre, yurtdışından bağış kabulü için gerekli olan Bakanlar Kurulu iznine ise gerek duymamış. Ergenekon soruşturması kapsamında Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği ile birlikte şubeleri aranan vakıflardan biri de ÇEV'di. Daha önce PKK yandaşı öğrencilere 'maddi destek' verdiği ortaya çıkan vakfın, toplantılarına katılmayan bursiyerlerinin burslarını fişleme kriterlerine göre kestiği belirlendi. İstanbul İl Dernekler Müdürlüğü, İl Vergi Dairesi, Vakıflar Bölge Müdürlüğü ve Emniyet Müdürlüğü yetkililerinin yaptığı denetimler sonucu ÇEV'den geçmiş dönemde burs alan birçok öğrencinin bu yolla burssuz kaldığı ortaya çıktı. Müfettiş raporlarında ÇEV'in burs kriterlerini din, mezhep ve etnik köken olarak belirlediği tespit edildi. Dernek, ayrıca, öğrencileri de 'Alevi, Sünni, cemaatten, imam hatipli' gibi ifadelerle fişlemiş. ÇEV, cumhurbaşkanlığı seçimlerinde de aktif rol oynuyor. Taksim Sovon Otel'de yapılan aylık toplantısında cumhurbaşkanlığı ve genel seçimlerle ilgili bir de strateji belirlemiş. Bu kapsamda Türkiye'nin birçok şehrinde yapılan Cumhuriyet mitinglerine katılma kararı aldıkları, bunun için de bursiyerleri katılmamaları halinde burslarını kesecekleri yönünde telkinde bulundukları da raporlara yansıdı. Müfettiş raporlarına yansıyan başka bir iddia ise yurtdışında faaliyet gösteren birçok yabancı şirketten burs aldığının tespit edilmesi. Vakıf, bu kapsamda Ralfi Singer'den 400, Anderson Carifornia Inc'den 1.446, Dünya Kiliseler Birliği'nden 19.966 ve Fener Rum Patriği Bartholomeos'tan da 20.000 dolar bağış almış. ÇEV Başkanı Gülseven Yaşer'in dernek olarak Dünya Kiliseler Birliği'nden aldıkları yardımlarla ilgili verdiği bilgilerin yanlış olduğu ortaya çıktı. Vakıflar Genel Müdürlüğü müfettişlerinin 2002 tarihli raporlarına göre, 17 Ağustos 1999'da Marmara Bölgesi'ni yerle bir eden ve 20 bin kişinin hayatını kaybettiği depremden sonra ÇEV, Dünya Kiliseler Birliği'nden düzenli olarak yardımlar almış. Sakarya Üniversitesi'nin prefabrike yurt binası inşası için toplanan yardımların kaynağı olarak Dünya Kiliseler Birliği ve uluslararası yardım kuruluşları adres gösterilmiş. ÇEV, Vakıflar Kanunu'na göre, yurtdışından bağış kabul için gerekli olan Bakanlar Kurulu iznini de almadan tebliğlere aykırı hareket etmiş. Dünya Kiliseler Birliği'nden yardımların başlangıcı 7 Şubat 2000'ye uzanıyor. Haziran ayında ve Aralık 2000'den başlamak üzere 2001 Mart'ına kadar 165 bin dolara yakın bağış alınmış. Vakıf, deprem bölgesindeki öğrencilere burs olarak dağıtmak şartıyla bir banka (Dışbank) tarafından 200 milyar lira, bir (Bayındır) holding ve şirketleri tarafından 22 milyar lira da yurtiçinden yardım almış.