Hazırlanan iddianamede Ergenekon terör örgütüne üye olmakla suçlanan Doç. Dr. Emin Gürses, şüphelilerden Ergün Poyraz'da ele geçirilen gizli askeri içerikli bilgi ve belgelerin kendisine Şener Eruygur tarafından verildiğini iddia etti. Ergün Poyraz'dan elde edilen notlara göre, kendisinin dönemin Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur, İstihbarat Başkanı Orgeneral Levent Ersöz, MGK Genel Sekreteri Orgeneral Tuncer Kılıç'la bizzat makamlarında birçok defa görüştüğü, ayrıca Teknik Ve Mali Daire Başkanı Albay Atilla Uğur' la bir çok defa görüştüğü, temin ettiği gizli askeri bilgi ve belgeleri kitaplarında kullandığının anlaşıldığı iddia edildi. Ergün Poyraz'ın, Levent Ersöz ve Atilla Uğur isimli üst düzey Jandarma İstihbaratından, para aldığına ilişkin tutanakların da İşçi Partisi'nden elde edilen CDlerin içinde yer aldığı anlatılan iddianamede, bu durumun Ergenekon terör örgütünün kapasitesini ve çalışma yöntemlerini gösterdiği kaydedildi.