Soruşturma kapsamında sivil savcılar tarafından ifadesi alınamayan Çubuklu hakkında, görevsizlik kararı verilmişti. Yani dosya Milli Savunma Bakanlığı'na gönderildi. Soruşturma savcısı, iddianame gibi "görevsizlik kararı" yazdı. Çubuklu ve ekibini delilleri karartmakla suçladı. Görevsizlik kararını da baskı ile verdiğini belirtti. Savcı, gerekçeli kararda iddia ettiği eylemlerin suç olduğunun altını çizdi. Soruşturma savcısı Çubuklu'yu defalarca ifadeye çağırdı. Bütün rütbeliler geldi o gelmedi. En son da Mart 2010'da ifadesini vermesini istedi. Ancak Çubuklu'nun başında olduğu Genelkurmay Adli Müşavirliği "soruşturma yürütme yetkisinin sivil savcılıkta olmadığı"nı iddia eden bir yazı gönderdi ve Çubuklu yine ifade vermeye gelmedi. Aynı gün iddiaya göre sivil savcıya baskı da başladı. Savcıdan, Önce İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı ardından da Başsavcı Aykut Cengiz Engin görevsizlik kararı vermesini istedi. Baskıların sonucunda savcı, görevsizlik kararı vermek zorunda kaldı.