Türk Silahlı Kuvvetleri Personel Kanunu'nun 65. Maddesi'ne göre; haklarında soruşturma ya da dava açılan subaylar, terfi ettirilemiyor. Hükümet de öyle yaptı. Balyoz Davası sanıkları Tümgeneral Gürbüz Kaya, Tümgeneral Halil Helvacıoğlu ve Tuğamiral Abdullah Gavremoğlu, terfi ettirilmeyip emekliye ayrıldı. Ama askeri kanat, Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül ve Başbakan Erdoğan'ın imzası olmadan, 3 komutan hakkında terfi kararı verdi. Hükümet, "Yasal değil, göndermeyin imzalamayız" dedi ama Genelkurmay, aldığı terfi kararını yine de gönderdi. Hükümet, tavrını değiştirmedi. Kararname; Balyoz sanığı 3 komutan da eklendiği için reddedilip Genelkurmay'a iade edildi. Karargah da mecburen Balyoz sanıklarını çıkarıp 2. bir kararname hazırladı; hükümet de onayladı. Ama işin rengi bir anda değişti. Balyoz sanıkları hakkındaki yakalama kararı kaldırılınca, Genelkurmay yeniden harekete geçti. Balyoz sanığı 3 general için hemen yeni bir terfi kararnamesi hazırlanıp Bakanlara gönderildi. Fakat, kabul edilmedi ve 3 komutan emekli edildi. Yani; Kaya, Helvacıoğlu ve Gavremoğlu, hiç bir zaman bir üst rütbeye yükselemedi. Ama karargah, yasal olarak emekliye ayrılan 3 komutanı, görevde tutmayı başardı. 30 Ağustos'ta emekli edilmeleri gerekirken; idari izin verildi. Onlar da bunu fırsat bilip hemen Askeri Yüksek İdare Mahkemesi'ne gitti ve terfi edilmelerini istedi. Askeri Mahkeme, 15 Ekim'de terfi kararı verdi ama terfi ettirilmek istenen 3 komutan o gün itibariyle tam 45 gündür emekliydi. Fakat gözardı edildi ve mahkeme kararı, Bakanlara gönderildi. Milli Savunma Bakanı ve İçişleri Bakanı ise komutanların 30 Ağustos'ta emekli olduğunu hatırlatıp emekliliklerine ilişkin belgeleri istedi. Genelkurmay, mahkemenin terfi kararında ısrar edince Bakanlar, yasal haklarını kullanmak zorunda kaldı ve Genelkurmay'ın emekli olmalarına rağmen terfi ettirilmelerini istediği 2 general ve 1 amiral, görevden alındı. 3 generalle ilgili yaşanan bu süreç Ergenekon ve Balyoz gibi davalarda yargılanan askerlerin görevlerinden alınıp alınmayacağı sorusunu gündeme getirdi. Bu kritik sorunun cevabını Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül'den geldi. Gönül, "Şimdilik böyle bir işlem söz konusu değil" dedi. Balyoz sanıklarının istisnai olduğunu belirten Gönül; "Diğer sanık askerleri, terfi ve emeklilik durumları olmadığı için şimdilik görevden almayı düşünmüyoruz" diye konuştu.