Ergenekon davası sanıklarından emekli Albay Hasan Atilla Uğur, gazeteci Nazlı Ilıcak'ı 2 Aralık 2008 tarihli 'Faili Meçhuller Gene Gündemde' başlıklı yazısından dolayı şikayet etmişti. Uğur, Ilıcak'ın yazısında hakkında asılsız, onur, şeref ve haysiyetine yönelik saldırı yapıldığını belirtmişti. Bunun üzerine Ilıcak hakkında, "hakaret ve adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs" suçlarından dava açılmıştı. İstanbul 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde görülen dava 1 Mart 2011'de karara bağlandı. Kararda, sanık Ilıcak'ın söz konusu yazısında Hasan Atilla Uğur'a ettiği hakaretin, yazının bütünlüğü içerisinden anlaşıldığı belirtildi. Yazının eleştiri sınırlarını aştığına dikkat çekilen kararda, Ilıcak'ın 'hakaret' suçundan 87 gün adli para cezasına çarptırılmasına hükmedildi. Ilıcak'ın her gün için 20'şer TL olmak üzere toplamda bin 740 TL adli para cezası ödemesi kararlaştırıldı. Ilıcak'ın yasal unsurları oluşmadığı gerekçesiyle 'adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs' suçundan ise beraatine karar verildi. Nazlı Ilıcak'ın 2 Aralık 2008 tarihindeki 'Faili Meçhuller Gene Gündemde' başlıklı köşesinde Hasan Atilla Uğur ile ilgili olarak şu ifadeler yer alıyordu: "Olayları karartmaya yönelik çok sayıda bilgi kirliliği ortaya çıkabilir ama, yolların, sürekli Veli Küçük ve Atilla Uğur gibi Ergenekon zanlılarıyla kesiştiği meydanda. Çok sayıda faili meçhul cinayet, Veli Küçük'ün Bölge Jandarma Komutanı olarak görev yaptığı Kocaeli ve civarında işlendi. Mardin Alay Komutanı Rıdvan Özden'in öldürülme emrini, Mardin'in bir ilçesinde Jandarma Komutanı olan Atilla Uğur'un organize ettiği belirtiliyor. Öcalan'ın açıklamalarına bakarsanız, 23 Mayıs 1993'te 33 erin PKK saldırısına maruz kalmasının asıl sebebi, devletten "sızan" yanlış enformasyon. Bingöl'de 33 er kurşuna dizildi. Çünkü PKK'lı bir time hatalı istihbarat verildi. Dezenformasyon yapıldı. 33 kişi, kıtasına giden silâhsız erlerdi. Ama, Öcalan'a, özel eğitimli birimler bilgisi verildi. Bir gün sonra Bakanlar Kurulu'nda PKK'lılara af meselesi görüşülecekti. Tabii, otobüs baskınından sonra ipler gene gerildi."