Başbakan; sistemin komutasının kimde olacağının henüz belirlenmediğini söyledi, füze kalkanında kumandanın nato'da olmasını istediklerini açıkladı. Füze Savunma Sistemi'nin imzalanmasıyla birlikte kumanda tartışması başladı. Sistemin kumandasının hangi ülkede olacağı merak edilirken; İsrail'in sansasyonel internet sitesi Debka'nın verdiği bir haber dışişleri kulislerini karıştırdı. Site, Füze Kalkanı kumandasının gizlice Türkiye'ye verildiğini yazdı. Debka'nın haberine cevabı bizzat Başbakan Erdoğan verdi. Erdoğan, kumandanın hangi ülkede olacağının henüz belirlenmediğini söyledi. Kumandanın hangi ülkeye verileceğinin sonraki oturumlarda kararlaştırılacağını belirten Başbakan, "Biz zaten komutanın NATO'da olmasını istiyoruz" dedi. Debka'ya bir cevap da Dışişleri Bakanı Ahmet Davutoğlu'ndan geldi. Sadece İsrailli yayın organına değil, İran'ı hedef gösteren Fransa'ya da önemli mesajlar vardı. Fransa Cumhurbaşkanı Sarkozy'nin "Biz kediye kedi deriz, füze savunma sisteminde hedef İran'dır" açıklamasına Başbakan Erdoğan cevap verdi. Türkiye'de füze kalkanı sistemi kapsamında herhangi bir konuşlanma olup olmayacağının bile belli olmadığını ifade eden Erdoğan, "Sarkozy'nin açıklaması kendini bağlar" dedi.