Ergenekon İddianamesi'nde, Koç Holding Onursal Başkanı Rahmi Koç'un Ergenekon Terör Örgütü üyeleriyle yaptığı görüşmeler de yer alıyor. Rahmi Koç’un, Ergenekon tutuklusu emekli Tuğgeneral Veli Küçük ile buluşmak istediği, Ergenekon zanlısı Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi İlhan Selçuk’la holding binasında görüştüğü yer alıyor. İddianamede, Rahmi Koç'un, Eski Başbakan Mesut Yılmaz'ın danışmanı vasıtasıyla Veli Küçük ile “Yemek yiyelim” diye haber gönderdiği yer alıyor. Rahmi Koç’un, Veli Küçük’ün, Marmara Denizi’nde bulunan adasının fotoğraflarını çektirmesi üzerine Veli Küçük ile buluşmak istemiş. İlhan Selçuk, 7 Şubat 2008 tarihinde Koç Holding’in Nakkaştepe’de bulunan binasında Rahmi Koç ile görüşme yaptığı ve söz konusu toplantıda, Cumhuriyet Gazetesi’nin durumu görüşüldüğü, toplantıda, Rahmi Koç’un İlhan Selçuk’a, “Sınır aşıldı mı” dediği yer alıyor. İddianamede, İlhan Selçuk’un, İstanbul Emniyet Müdürlüğü Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü’nde kendisine sorulan, “Koç ailesiyle nasıl bir ilişkiniz vardır? Bu aileden kimlerle görüşürsünüz? Hangi sıklıkla görüşürsünüz?” sorusuna, “Rahmi Koç benim dostumdur. Sırası geldiğinde buluşur konuşuruz. Bu görüşmelerimiz çok sık değildir. Ama benim için bu görüşmeler önemlidir. Türkiye’de o konumda bulunan bir insanın görüşlerini öğrenmek, benim açımdan önemlidir. Görüşmede de Rahmi Koç’un yanına gideceğimden bahsediyorum. Kendisiyle dünyanın ve Türkiye’nin ahvali hakkında görüşüyoruz. Gazeteci olmam nedeniyle Turgay Ciner, Mehmet Emin Karamehmet, Şevket Sabancı, Aydın Doğan gibi şahıslarla da ara sıra görüşürüm” dediği yer alıyor.