Üniversite hesaplarını inceleyen Sayıştay denetçileri, Prof. Dr. Bernay'ın 2003 yılında Vakıfbank Samsun Şubesi'nden üniversiteye verilen 800 bin TL promosyon parasını bütçeye gelir olarak kaydetmek yerine usulsüz yollarla OMÜ Vakfı'na aktardığını tespit etti. Eski rektörün konuyu yasa ve yönetmelikler çerçevesinde izah edememesi sonucu Sayıştay, 800 bin liranın yasal faiziyle Bernay'ın maaşından kesilerek tahsil edilmesine karar verdi. Edinilen bilgilere göre ceza kesinleştiği için Bernay'ın itiraz yolu bulunmuyor. 2008 yılında üniversitenin hesaplarını kontrol eden Sayıştay denetçileri, 2003 yılına ait hesaplarda; üniversite personelinin maaş, ikramiye, mesai, vergi iadesi vb. alacaklarıyla öğrenci harçları ve yurt depozito ücretlerinin Vakıfbank Samsun şubesinden ödenmesi karşılığında Bernay'ın bankayla 2002 tarihinde 5 yıllık bir protokol imzaladığını ortaya çıkardı. 2003-2008 yıllarını kapsayan protokole göre, banka şubesinin üniversiteye 800 bin TL promosyon verdiğini tespit eden denetçiler, bu paranın bütçeye gelir olarak kaydedilmesi gerekirken, usulsüz yollarla rotaryenlerin kurduğu üniversitenin ismini taşımasına rağmen üniversiteyle ilişkisi olmayan OMÜ Vakfı'na aktarıldığını belirledi. Rektör Ferit Bernay, Sayıştay'a verdiği savunmasında bankanın yaptığı ödemeden haberlerinin olmadığını ileri sürdü. Banka yetkililerinin üniversiteden 'vakfa para aktar' diye bir talimat almadığı yönünde savunma yapması üzerine Sayıştay denetçisi tarafından, kâr amacı olan ticarî bir kurumun hiçbir menfaati olmadan böylesi bir meblağı bağışlamasının mümkün olmayacağı ifade edildi. 2 Ekim 2009 tarihli Sayıştay Mahkeme Kurulu kararında, üniversite ile banka arasında yapılan protokolün 25. maddesinde üniversitenin tek taraflı olarak sözleşmeyi feshetmesi durumunda 800 bin TL ceza ödemeyi taahhüt etmesinin üniversite kaynaklarının bankada toplanmasını doğruladığı vurgulandı. Konuyu karara bağlayan Sayıştay, 800 bin TL'lik kamu zararının, sorumlu harcama yetkilisi Ferit Bernay'dan yasal faiziyle tahsiline karar verdi. Ceza, Bernay'ın maaşından kesilerek tahsil edilecek. Üniversitenin genel sekreterliği, Sayıştay kararını doğrularken, Prof. Dr. Bernay konuyla ilgili açıklama yapmadı. Rektör olduğu dönemde yasakçı tutumuyla tanınan Bernay, zimmet konusuyla yeniden gündeme geldi. Bernay hakkında, daha önce de görevi kötüye kullanma, görevi ihmal, yolsuzluk, kadrolaşma, baskı, usulsüzlük, ihaleye fesat karıştırma, resmi evrakta sahtecilik ve keyfi muamele yaptığı iddiasıyla TBMM Araştırma Komisyonu kurulmuştu. Araştırma sonucunda komisyon başkanı AK Parti Samsun Milletvekili Cemal Yılmaz Demir, rektör hakkında Samsun Cumhuriyet Savcılığı'na suç duyurusunda bulunmasına rağmen dönemin YÖK Başkanı Erdoğan Teziç'in soruşturma izni vermemesi sebebiyle iddialar soruşturulamamıştı. Prof. Dr. Bernay, rektörlüğünün sona ermesiyle Ergenekon soruşturmasının 12. dalgasında 'Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya ve görevini yapmasını engellemeye teşebbüs' suçundan gözaltına alınarak tutuklandı. Bernay, 5 ay Silivri Cezaevi'nde hapis yattıktan sonra tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılmıştı.