YÖK Başkanı Erdoğan Teziç başkanlığındaki Yüksek Disiplin Kurulu, Ecer'in, “rektörlük görevi sırasında bir banka ile personel maaş sözleşmesi imzaladığı, sözleşme gereği bankanın bağışladığı 135 bin YTL'yi zimmetine geçirdiği” yönündeki iddialara ilişkin yaptığı değerlendirmede, bu kişinin, “Kamu hizmeti veya öğretim elemanı sıfatıyla bağdaşmayacak nitelik ve derecede yüz kızartıcı ve utanç verici hareketlerde bulunmak” suçunu işlediği kanısına vararak, Ecer hakkında kamu görevinden çıkarma cezası verdi. Prof. Dr. Ecer, 2004 yılı Aralık ayında rektörlük görevinden istifa etmiş, YÖK Yüksek Disiplin Kurulunun 10 Mart 2006 tarihli toplantısında suçlamaları kabul etmediğini belirtmişti.Prof. Dr. Ecer, bu yıl emekli olmuştu.