Vatan ve Star gazetelerinin haberlerine göre, örgütün üst düzey yöneticisi olarak tutuksuz yargılanan Şener Eruygur ve Hurşit Tolon, darbe planlarını birlikte hazırlamış. İki mesai arkadaşı, ayrıntılı darbe planlarında kendilerinin konumlarını belirlemeyi de ihmal etmemiş. Planda, darbe sonrasının Genelkurmay Başkanı Şener Eruygur, Jandarma Genel Komutanı ise Hurşit Tolon olarak yer alıyor. İkinci iddianameye göre, daha önce gündeme gelen Ayışığı, Sarıkız, Yakamoz ve Eldiven'in dışında pek çok darbe planı daha bulunuyor. Buna göre, kuvvet komutanları, valiler ve belediye başkanları bile belirlenmiş. İddianamede henüz bu isimlere ulaşılamadığı; ancak olası bir darbe durumunda Şener Eruygur'un Genelkurmay başkanı olarak TSK'nın başına geçeceği, Hurşit Tolon'un da Jandarma genel komutanı olup Jandarma'yı yöneteceği iddia ediliyor. Ergenekon'un tutuklu sanıklarından emekli Albay Hasan Atilla Uğur'dan ele geçirilen bir mektupta da darbe planlarındaki kadrolarla ve bunların yapılanmasıyla ilgili notlar ve isimlerin yer aldığı kaydediliyor. İddianamede, 17 Mayıs 2006 tarihinde gerçekleşen Danıştay saldırısı, Ergenekon örgütünün ilk eylemi olarak gösteriliyor.